La thèse d’université, souvent appelée « thèse de sciences », s’inscrit dans la continuité du Master 2 bien qu’elle ne porte pas obligatoirement sur la même thématique. Au contraire d’une thèse d’exercice (thèse de médecine), il s’agit d’une thèse visant à obtenir un titre universitaire donnant ensuite accès à l’Habilitation à Diriger des Recherches (HDR). Il s’agit du premier véritable travail de recherche autonome dans le parcours académique.

Réalisée sur une période de trois à six ans (par dérogation), sous la direction d’un ou plusieurs encadrants habilités à diriger des recherches, elle vise à répondre à une question scientifique précise à travers une démarche méthodologique rigoureuse. Compte tenu de l’importance du travail à fournir, un tel projet doit obligatoirement être soutenu financièrement par l’obtention de bourses de recherche ou par l’intermédiaire d’un poste hospitalo-universitaire (PHU ou MCU-PH) qui permette au candidat de consacrer le temps nécessaire à la conduite de ses recherches.

La thèse ne se limite pas à l’accumulation de données : elle suppose la formulation d’hypothèses, la maîtrise d’un champ bibliographique, la mise en œuvre d’expérimentations ou d’analyses, et la capacité à interpréter et discuter les résultats de manière critique. Elle s’inscrit dans un projet collectif de recherche, souvent au sein d’une unité labellisée (INSERM, CNRS, université), tout en demeurant une œuvre personnelle.

Soutenue publiquement devant un jury après publication partielle des résultats, elle atteste de la capacité du candidat à concevoir et à conduire une recherche scientifique originale. C’est également durant cette période que le candidat supervise lui-même des étudiants en Master 1 ou en Master 2.