Auteurs : François Audenet, Franck Bruyère

Relecture : Morgan Rouprêt

Plan Pour comprendre Physiopathologie Diagnostic d’une infection urinaire Cystite aiguë Pyélonéphrite aiguë Infections urinaires masculines Infections urinaires chez la femme enceinte Infections urinaires chez le sujet âgé Infections urinaires chez le nourrisson et l’enfant

Objectifs pédagogiques Interpréter les résultats des bandelettes urinaires et des examens cytobactériologiques des urines. Diagnostiquer et traiter une cystite aiguë. Connaître la conduite à tenir face à une cystite récidivante. Diagnostiquer et traiter une pyélonéphrite aiguë, identifier les situations nécessitant une hospitalisation. Diagnostiquer et traiter une prostatite aiguë, identifier les situations nécessitant une hospitalisation. Expliquer la place de l’antibiothérapie chez un patient porteur d’une sonde urinaire.

Résumé

• Les infections urinaires regroupent des tableaux cliniques de symptomatologie et de gravité très variables, en fonction du terrain et du site atteint sur l’arbre urinaire.
• On distingue les infections urinaires simples/à risque de complication/graves et les infections urinaires masculines.
• Sur le plan bactériologique Escherichia coli est au premier rang avec 60 à 80 % des germes identifiés, toutes formes cliniques confondues.

Cystite aiguë :

• le diagnostic repose sur l’existence de signes fonctionnels urinaires associés à une bandelette urinaire positive ;
• le traitement des formes simples repose en 1re intention sur une antibiothérapie monodose ;
• les formes à risque de complication nécessitent la réalisation d’un ECBU, le traitement est prolongé (5 à 7 jours) et doit être différé si possible pour être d’emblée adapté à l’antibiogramme.

Pyélonéphrite aiguë :

• elle associe fièvre, douleurs lombaires et SFU ;
• le diagnostic repose sur l’ECBU et doit être complété par une échographie rénale pour éliminer une dilatation des cavités pyélocalicielles en cas de forme hyperalgique ;
• l’antibiothérapie probabiliste comporte en 1re intention une C3G parentérale ou une fluoroquinolone, associée à un aminoside en cas de signes de gravité ;
• le traitement est secondairement adapté à l’antibiogramme pour une durée totale de 10 à 14 jours (7 jours pour les fluoroquinolones ou les bêta-lactamines parentérales) ;
• en cas de pyélonéphrite aiguë à risque de complication, il faut réaliser en urgence un uroscanner ;
• la PNA obstructive est une urgence médico-chirurgicale imposant un drainage chirurgical des urines.

Infections urinaires masculines :

• les infections urinaires masculines sont très hétérogènes ;
• la forme classique de la prostatite aiguë associe fièvre, douleurs pelviennes, signes fonctionnels urinaires et dysurie ;
• le bilan comprend une BU, un ECBU et une échographie des voies urinaires par voie sus-pubienne en cas de douleurs lombaires, lorsqu’une rétention aiguë d’urines est suspectée ou dans des contextes particuliers ;
• l’antibiothérapie probabiliste comporte en 1re intention une C3G injectable ou une fluoroquinolone, éventuellement associée à un aminoside en cas de signes de gravité ;
• le traitement est secondairement adapté à l’antibiogramme pour une durée totale de 14 jours ;
• à distance, il faut rechercher les facteurs favorisants (pathologie prostatique, sténose urétrale) ;
• en cas de traitement insuffisant, il existe un risque de passage à la chronicité.

I – Pour comprendre

Les infections urinaires communautaires représentent le second site d’infection bactérienne après l’arbre respiratoire. Elles regroupent des tableaux cliniques de symptomatologie et de gravité très variables, en fonction du terrain et du site atteint sur l’arbre urinaire.

Ce qui est nouveau :

• le terme d’infection urinaire à risque de complication remplaçant le terme d’infection urinaire compliquée ;
• le concept d’infection urinaire masculine ;
• la nouvelle définition du sujet âgé ;
• l’impact sur les traitements recommandés de l’incidence des résistances.

On distingue :

• les infections urinaires simples, survenant chez des patients sans facteur de risque de complication ;
• les infections urinaires à risque de complication présentant au moins un des facteurs de risque suivants :
  • anomalies organiques ou fonctionnelles de l’arbre urinaire, quelle qu’elle soit (résidu vésical, reflux, lithiase, tumeur, acte récent…),
  • sexe masculin, du fait de la fréquence des anomalies anatomiques ou fonctionnelles sous-jacentes,
  • grossesse,
  • sujet âgé : patient de plus de 75 ans ou de plus de 65 ans avec ? 3 critères de fragilité (critères de Fried : perte de poids involontaire au cours de la dernière année, vitesse de marche lente, faible endurance, faiblesse/fatigue, activité physique réduite),
  • immunodépression grave,
  • insuffisance rénale chronique sévère (clairance < 30 mL/min).
  • Important : le diabète, même insulino-requérant, n’est plus considéré comme un facteur de risque de complication ;
• les infections urinaires graves sont les pyélonéphrites aiguës (PNA) et les infections urinaires masculines associées à :
  • un sepsis grave,
  • un choc septique,
  • une indication de drainage chirurgical ou interventionnel (risque d’aggravation du sepsis en périopératoire) ;
• les cystites récidivantes sont définies par la survenue d’au moins quatre épisodes pendant 12 mois consécutifs ;
• la colonisation bactérienne (bactériurie asymptomatique) correspond à la présence d’un micro-organisme dans les urines sans manifestations cliniques associées. Il n’y a pas de seuil de bactériurie, sauf chez la femme enceinte où un seuil de bactériurie à 10⁵ UFC/mL est classiquement retenu. La leucocyturie n’intervient pas dans la définition. Les deux seules situations consensuelles pour le dépistage et le traitement des colonisations urinaires sont :
  • avant une procédure urologique invasive programmée ;
  • pendant la grossesse à partir du 4e mois.

Important : un patient porteur d’une sonde urinaire ne doit jamais avoir d’ECBU systématique en dehors de situations particulières (apparitions de troubles urinaires, apparition d’une grosse bourse inflammatoire, fièvre inexpliquée, syndrome confusionnel).

Ce qui est nouveau :

• révision des comorbidités définissant les infections urinaires à risque de complication ;
• le diabète, même insulino-requérant, ne fait plus partie des facteurs de risque de complication ;
• l’indication de drainage chirurgical ou interventionnel constitue un critère de gravité.

Sepsis grave = sepsis + au moins un critère parmi :

• lactates > 2 mmol/L (ou > 1,5 fois la normale) ;
• hypotension artérielle systolique < 90 mmHg ou baisse de 40 mmHg par rapport au chiffre de base, ou moyenne < 65 mmHg, ou PA diastolique < 40 mmHg ;
• dysfonction d’organe (une seule suffit) :
  • respiratoire : PaO2 < 60 mmHg ou SpO2 < 90 % à l’air (a fortiori sous O2), ou PaO2/FiO2 < 300, ou baisse de ce rapport de plus de 20 % chez le malade sous assistance ventilatoire,
  • rénale : oligurie < 0,5 mL/kg par heure, persistante pendant 3 heures malgré le remplissage ou créatinine > 177 ?mol/L (20 mg/L), ou élévation de plus de 50 % par rapport au chiffre de base,
  • coagulation : thrombopénie < 100 000/mm3 ou TP < 50 %, ou chute de plus de 30 % des plaquettes ou du TP sur 2 prélèvements successifs. Présence d’une CIVD,
  • hépatique : hyperbilirubinémie > 34 ?mol/L. Fonctions supérieures : encéphalopathie ou syndrome confusionnel, qui pourrait être traduit par un score de Glasgow < 14.

Choc septique = persistance de l’hypotension (PAS < 90 ou PAM < 65 mmHg) ou de signes francs d’hypoperfusion (lactatémie ? 4 mmol/L, oligurie) malgré les manœuvres initiales de remplissage vasculaire au cours d’un sepsis grave, ou d’emblée chez un malade ayant des signes d’infection.

II – Physiopathologie

L’arbre urinaire est physiologiquement stérile, en dehors de l’urètre distal qui est colonisé par la flore périnéale.

Les infections urinaires communautaires sont principalement des infections par voie ascendante, à partir de la flore urétrale.

Plus rarement, les pyélonéphrites peuvent être d’origine hématogène, dans le cadre d’une bactériémie (notamment à staphylocoque ou à Candida).

Les infections urinaires masculines sont favorisées par l’existence d’un obstacle sous-urétral responsable d’une mauvaise vidange vésicale : hyperplasie bénigne de prostate (HBP), cancer de la prostate ou sténose urétrale.

Elles peuvent également être d’origine vénérienne dans le cadre d’une infection génitale chez l’homme (cf. chapitre 12 [Item 158 – Infections sexuellement transmissibles]) ou iatrogène après biopsies de prostate.

Sur le plan bactériologique Escherichia coli est au premier rang avec 60 à 80 % des germes identifiés, toutes formes cliniques confondues. Il est retrouvé dans 70 à 95 % des cystites simples et 85 à 90 % des pyélonéphrites aiguës.

Il existe une résistance croissante et préoccupante d’E. coli variable selon les tableaux cliniques et le terrain : amoxicilline 45 %, triméthoprime-sulfaméthoxazole (TMP-SMX) 23 %, fluoroquinolone 10–25 %.

La résistance de E. coli aux céphalosporines de 3e génération (C3G) injectables dans les infections urinaires communautaires progresse et est actuellement proche de 5 % avec une grande variabilité selon la présentation clinique, le terrain et la région. La production d’une bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE) est le principal mécanisme de résistance.

Les autres germes les plus fréquemment retrouvés sont entérocoque, staphylocoque et pseudomonas.

Le risque de résistance est majoré en cas d’antibiothérapie récente (moins de 6 mois) ou de voyage dans une zone endémique, en particulier pour les fluoroquinolones.

III – Diagnostic d’une infection urinaire

A – Diagnostic clinique et topographique

Les signes fonctionnels urinaires témoignant de l’atteinte vésicale sont les brûlures mictionnelles, la pollakiurie et/ou la présence d’urines troubles ou hématuriques.

Le syndrome infectieux peut témoigner d’une atteinte parenchymateuse (rein, prostate) en présence d’une fièvre et de frissons, inconstants, évocateurs d’une bactériémie.

Les symptômes en faveur d’une pyélonéphrite aiguë sont : des douleurs de la fosse lombaire ou de l’angle costo-lombaire, unilatérales, irradiant vers le pubis et les organes génitaux externes, spontanées ou provoquées par la percussion, parfois associées à des signes digestifs (douleurs, vomissements, diarrhées).

Les symptômes en faveur d’une infection urinaire masculine sont : l’existence de douleurs pelviennes, périnéales, urétrales ou rectales, intenses et indépendantes de la miction ; la présence d’une dysurie et/ou d’une rétention aiguë d’urines ; parfois associées à des douleurs lombaires ; une prostate classiquement augmentée de volume, douloureuse au toucher rectal, de consistance typiquement « succulente ». Parfois la forme clinique est moins évocatrice : syndrome infectieux isolé, forme peu ou pas fébrile avec un toucher rectal normal.

B – Diagnostic bactériologique

La bandelette urinaire (BU) :

• a une valeur d’orientation par la détection de leucocytes et de nitrites ;
• nécessite de respecter une méthodologie rigoureuse : bandelettes non périmées, urines fraîches, temps de lecture avant interprétation ;
• chez la femme symptomatique, l’absence simultanée de leucocytes et de nitrites présente une très bonne valeur prédictive négative (VPN > 95 %) en l’absence d’immunodépression grave. Une BU négative doit faire rechercher un autre diagnostic ;
• chez l’homme, une BU positive pour les leucocytes et/ou les nitrites a une bonne valeur prédictive positive (VPP > 90 %). En revanche, une BU négative ne permet pas d’éliminer une infection urinaire.

Attention : certains germes sont dépourvus de nitrate réductase : cocci Gram + (staphylocoque, streptocoque, entérocoque), BGN aérobie (Pseudomonas, Acinetobacter). Certains régimes pauvres en légumes ou riches en vitamine C perturbent le résultat de ces bandelettes.

L’examen cytobactériologique des urines (ECBU) doit être réalisé dans des conditions parfaites de recueil (toilette antiseptique), et l’analyse au laboratoire doit être idéalement immédiate (sinon conservation possible 12 heures à 4 °C). L’ECBU comprend un examen direct, une mise en culture et un antibiogramme le cas échéant.

Le seuil de leucocyturie significatif est ? 10 éléments/mm3 soit 10⁴ éléments/mL.

Le seuil de bactériurie significatif dépend de l’espèce bactérienne en cause et du sexe du patient (tableau 11.1).

Tableau 11.1. Seuil de significativité en fonction du type de bactérie.

Espèces bactériennes	Seuil de significativité	Sexe
E. coli, S. saprophyticus	103 UFC/mL	Homme ou femme
Entérobactéries autres que E. coli, entérocoque, Corynebacterium urealyticum, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus	103 UFC/mL	Homme
	104 UFC/mL	Femme

En cas de leucocyturie sans germe, il faut évoquer :

• une infection urinaire décapitée par une antibiothérapie préalable ;
• une urétrite ;
• une vaginite ;
• un syndrome de la vessie douloureuse (cystite interstitielle) ;
• une tuberculose urogénitale ;
• une période périmenstruelle (hématurie associée).

Les hémocultures sont recommandées en cas de pyélonéphrite aiguë grave ou d’infection urinaire masculine avec fièvre mais pas en dehors de ces cas.

C – Stratégie thérapeutique

Elle est conditionnée par l’histoire naturelle et les risques évolutifs de chaque situation. Le choix de l’antibiothérapie repose sur l’efficacité, la tolérance, mais aussi sur le risque écologique individuel et collectif.

IV – Cystite aiguë

A – Cystite aiguë simple

Il s’agit d’une maladie fréquente avec un inconfort variable. Il faut s’assurer cliniquement de l’absence de facteurs de risque de complication ou de pyélonéphrite aiguë pauci-symptomatique (fébricule, lombalgie sourde). Un ECBU n’est pas nécessaire, la BU est le seul examen paraclinique suggéré, orientant le diagnostic. Aucune imagerie n’est requise. L’évolution spontanément favorable est fréquente après simple cure de diurèse et le risque de pyélonéphrite aiguë ascendante est minime.

L’antibiothérapie de première intention et de choix sera : fosfomycine-trométamol (Monuril^®) en dose unique, qui présente les avantages d’avoir une meilleure observance, d’avoir une résistance très rare et non croisée avec les autres antibiotiques et d’être une classe spécifique épargnant les autres.

L’antibiothérapie de deuxième intention sera le pivmecillinam (Selexid^® 200 mg × 3/j) pendant 5 jours.

Le traitement de troisième intention, en dernier recours, sera :

• soit fluoroquinolone en dose unique (ciprofloxacine : Uniflox^® 500 mg, ofloxacine : Monoflocet® 400 mg) ;
• soit nitrofurantoïne 5 jours (Furadantine^® 50 mg × 3/j) (toxicité hépatique et pulmonaire rare mais grave, à éviter donc sur le long cours).

Il est recommandé de ne pas prévoir de consultation, de BU ou d’ECBU de contrôle. L’ECBU ne sera fait qu’en cas d’évolution défavorable (persistance des signes cliniques après 3 jours) ou récidive précoce dans les 2 semaines.

B – Cystite aiguë à risque de complication

Il s’agit des cystites aiguës avec présence d’au moins un facteur de risque de complication. Un ECBU doit être systématiquement réalisé.

Le principe fondamental est de différer chaque fois que possible l’antibiothérapie pour prescrire un traitement d’emblée adapté à l’antibiogramme et avec la pression de sélection la plus faible possible. Sinon, l’antibiothérapie sera probabiliste avec, en première intention, la nitrofurantoïne, et en seconde intention du céfixime ou une fluoroquinolone. Une adaptation à l’antibiogramme est systématique. La durée totale du traitement est de 7 jours, sauf pour les fluoroquinolones où il est de 5 jours.

Il est recommandé de ne pas prévoir de consultation, de BU ou d’ECBU de contrôle.

C – Cystite aiguë récidivante

Une cystite est considérée arbitrairement comme récidivante s’il y a eu au moins quatre épisodes pendant une période de 12 mois.

Il s’agit d’infections itératives par des bactéries souvent liées à des facteurs favorisants, notamment :

• relations sexuelles ;
• boisson insuffisante ;
• mictions rares ;
• constipation ;
• ménopause.

Toutefois, il n’existe qu’exceptionnellement des anomalies urologiques ou gynécologiques sous-jacentes.

Seules les cystites récidivantes sans facteur de risque de complication sont abordées ici. Les autres situations relèvent d’une prise en charge multidisciplinaire, associant urologues, infectiologues, gynécologues, radiologues et médecins traitants.

1. Bilan étiologique

Pour les premiers épisodes de récidive, un ECBU est indiqué pour exclure une cystite à rechute et faire la preuve d’infections itératives à germes différents. Il est recommandé de ne pas faire d’investigations complémentaires systématiques chez la femme non ménopausée avec examen clinique normal (en particulier pelvien et urétral).

Dans les autres situations, les indications du bilan (mesure du résidu post-mictionnel, débitmétrie urinaire, uroscanner ou à défaut échographie, cystoscopie, cystographie, évaluation gynécologique) doivent être discutées au cas par cas après évaluation clinique.

2. Traitement des épisodes de cystites

Le traitement curatif d’un épisode de cystite récidivante est similaire à celui d’une cystite simple. Un traitement prescrit et auto-administré peut être proposé au cas par cas après sélection et éducation des patientes, sous réserve d’une réévaluation périodique de la procédure au moins 2 fois par an.

3. Prévention des récidives

a. Traitement prophylactique non antibiotique

Des mesures peuvent être proposées, bien que leur efficacité ne soit pas démontrée : des apports hydriques suffisants, des mictions non retenues, une régulation du transit intestinal, un arrêt des spermicides s’il y a lieu.

La canneberge peut être proposée en prévention des cystites récidivantes à E. coli à la dose de 36 mg/j de proanthocyanidine de type A.

Les oestrogènes en application locale peuvent être proposés en prévention des cystites récidivantes chez les femmes ménopausées.

b. Antibioprophylaxie

Une antibioprophylaxie ne doit être proposée que chez les patientes présentant au moins une cystite par mois, lorsque les autres mesures ont échoué.

Un ECBU doit être réalisé au plus tard une à deux semaines avant le début de l’antibioprophylaxie et celui-ci doit être stérile.

L’antibioprophylaxie n’est que suspensive et permet une diminution de la fréquence des cystites.

L’antibioprophylaxie post-coïtale est aussi efficace qu’un traitement quotidien lorsque les rapports sexuels sont en cause.

Les antibiotiques recommandés en prophylaxie des IU récidivantes sont le TMP-SMX et la fosfomycine- trométamol. L’utilisation de nitrofurantoïne dans cette indication est formellement contre-indiquée. Fluoroquinolones et bêta-lactamines doivent être évitées dans cette indication en raison du risque de sélection de résistance.

V – Pyélonéphrite aiguë

Il s’agit d’une infection potentiellement grave, de bon pronostic si le traitement est bien conduit, mais avec un risque de suppuration locale (abcès rénal, phlegmon périnéphritique, pyonéphrose) ou de généralisation de l’infection (sepsis grave). Le bilan clinique doit rechercher un facteur de risque de complication, une complication avérée ou un sepsis grave. L’homme immunocompétent n’est qu’exceptionnellement concerné par la pyélonéphrite aiguë non obstructive. L’ECBU est systématique. Les autres examens complémentaires et l’antibiothérapie sont à adapter selon la forme clinique.

A – Pyélonéphrite aiguë simple

1. ECBU

Le diagnostic doit être confirmé par un ECBU avec antibiogramme :

• leucocyturie > 104/mL ;
• avec bactériurie > 103 UFC/mL pour E. coli et > 104 UFC/mL pour les autres entérobactéries.

2. Hémocultures

Il n’est pas nécessaire de réaliser des hémocultures pour une PNA simple dont la présentation est typique, mais seulement en cas de doute diagnostique.

3. Examens biologiques

Il est recommandé de ne pas demander systématiquement d’autres examens biologiques (NFS, CRP, créatinine) dans le bilan initial.

4. Imagerie

Une échographie rénale précoce est indiquée dans les 24 heures en cas de PNA hyperalgique. Dans les autres situations, l’échographie n’est pas recommandée systématiquement lors d’un premier épisode de PNA simple sans signe de gravité avec évolution favorable. En cas d’évolution défavorable à 72 heures d’antibiothérapie, il est recommandé d’effectuer un uroscanner. Néanmoins la morbidité potentielle d’un obstacle entraînant le plus souvent une dilatation des cavités pyélocalicielles, implique qu’un examen d’imagerie soit réalisé le plus rapidement possible au moindre doute clinique d’obstruction.

5. Traitement

Le traitement d’une PNA simple sans signe de gravité est ambulatoire (fig. 11.1).

Fig. 11.1. Organigramme de traitement pour une PNA simple.

Les indications d’hospitalisation sont :

• PNA hyperalgique ;
• doute diagnostique ;
• vomissements rendant impossible un traitement par voie orale ;
• conditions socio-économiques défavorables ;
• doutes concernant l’observance du traitement ;
• traitement par antibiotiques à prescription hospitalière (rares situations de polyallergie).

Un traitement antibiotique probabiliste doit être débuté immédiatement après la réalisation de l’ECBU.

Il doit être adapté à 48 heures en fonction des données de l’antibiogramme, en choisissant un antibiotique du spectre le plus étroit possible, à bonne diffusion rénale.

La durée du traitement est de 7 jours en cas de traitement par fluoroquinolone ou bêta-lactamine parentérale, 10 à 14 jours dans les autres cas.

6. Suivi

En cas d’évolution clinique favorable, il est recommandé de ne pas effectuer d’ECBU de contrôle.

Une évolution défavorable sous traitement (fièvre après 72 heures) fait poser l’indication :

• d’un ECBU de contrôle avec antibiogramme ;
• d’une exploration radiologique par uroscanner (sauf contre-indication).

Ce qui est nouveau :

• l’absence d’échographie systématique dans la PNA simple non hyperalgique ;
• l’antibiothérapie de 7 jours en cas de traitement complet par bêta-lactamine parentérale ;
• l’absence d’ECBU de contrôle systématique.

B – Pyélonéphrite aiguë à risque de complication

1. Biologie

Outre la BU et l’ECBU avec antibiogramme, un bilan biologique sanguin est recommandé : CRP, urée, créatinine.

2. Imagerie

Un uroscanner est indiqué, le plus souvent en urgence, et au plus tard dans les 24 heures. En cas de contre-indication, ou si la suspicion de complication est faible, l’alternative est une échographie rénale.

3. Traitement

Les critères d’hospitalisation ainsi que le traitement probabiliste sont les mêmes que dans la PNA simple, sans signe de gravité.

La durée de traitement d’une PNA à risque de complication, sans signe de gravité, est de 10 à 14 jours. Une durée > 21 jours est à discuter dans certaines situations exceptionnelles (abcès rénal par exemple).

4. Suivi

Le suivi est essentiellement clinique : une réévaluation à 72 heures est indispensable.

Il est recommandé de ne pas prévoir d’ECBU de contrôle sous et après traitement.

Une évolution défavorable sous traitement (fièvre après 72 heures) fait poser l’indication :

• d’un ECBU de contrôle avec antibiogramme ;
• d’une exploration radiologique par uroscanner (sauf contre-indication).

Ce qui est nouveau :

• le fait de privilégier les C3G vis-à-vis des fluoroquinolones pour les PNA à risque de complication sans signe de gravité relevant d’une hospitalisation initiale ;
• l’absence d’ECBU de contrôle systématique.

C. Pyélonéphrite aiguë grave

1. Biologie

Outre la BU et l’ECBU avec antibiogramme, un bilan biologique sanguin est recommandé : NFS, CRP, urée, créatinine.

Les hémocultures sont systématiques.

2. Imagerie

Un uroscanner est indiqué, le plus souvent en urgence, et au plus tard dans les 24 heures. En cas de contre-indication, l’alternative est une échographie rénale.

L’exploration du parenchyme rénal est indispensable à la recherche :

• d’un obstacle avec dilatation des cavités pyélocalicielles ;
• d’un foyer de néphrite : hypodensité triangulaire à base externe au temps sécrétoire, pathognomonique de la PNA ;
• d’un abcès rénal : collection infectieuse intraparenchymateuse ;
• d’un phlegmon périnéphritique : infection contenue dans le fascia périrénal.

3. Traitement

L’hospitalisation est systématique. Le traitement comporte une antibiothérapie, initialement probabiliste et un drainage chirurgical des urines en urgence en cas d’obstacle.

Les C3G restent indiquées en traitement probabiliste, excepté lorsqu’une infection à BLSE est suspectée (colonisation urinaire ou infection à BLSE < 6 mois, antibiothérapie par pénicilline + inhibiteur, C2G, C3G ou fluoroquinolones < 6 mois, voyage récent en zone d’endémie de BLSE, hospitalisation < 3 mois, vie en long séjour).

L’antibiothérapie probabiliste des PNA graves repose donc sur l’association C3G parentérale (céfotaxime ou ceftriaxone) + amikacine sauf dans les cas suivants :

• en cas d’allergie : aztréonam + amikacine ;
• suspicion d’infection à BLSE : carbapénème (imipénème ou méropénème) + amikacine.

La PNA obstructive est une véritable urgence médico-chirurgicale. Il existe une indication formelle à un drainage chirurgical des voies urinaires du haut appareil en urgence, soit par cathétérisme urétéral rétrograde (sonde urétérale) ou par néphrostomie percutanée échoguidée, en fonction des conditions anatomiques. Ce drainage chirurgical sera associé à une bi-antibiothérapie d’emblée. La cause de l’obstruction (lithiase) sera toujours traitée secondairement.

Le traitement de relais après résultat de l’antibiogramme fait appel aux mêmes molécules que pour les PNA sans signe de gravité.

La durée du traitement d’une PNA grave est de 10 à 14 jours. Une durée > 21 jours est à discuter dans certaines situations exceptionnelles (abcès rénal par exemple).

4. Suivi

Le suivi est essentiellement clinique. Il est recommandé de ne pas prévoir d’ECBU de contrôle sous et après traitement. Une évolution défavorable sous traitement (fièvre après 72 heures) fait poser l’indication :

• d’un ECBU de contrôle avec antibiogramme ;
• d’une exploration radiologique par uroscanner (sauf contre-indication).

Ce qui est nouveau :

• le retrait des fluoroquinolones en traitement probabiliste de la PNA grave ;
• le positionnement des carbapénèmes selon la gravité et le risque de BLSE.

VI – Infections urinaires masculines

A. Diagnostic

Les infections urinaires masculines sont très hétérogènes, des formes peu symptomatiques sans fièvre jusqu’au choc septique (fig. 11.2). Cette diversité justifie de moduler la prise en charge initiale en fonction des signes cliniques. Cependant, aucun test diagnostique non invasif ne permet d’écarter une infection prostatique, qui doit donc être prise en compte dans la prise en charge ultérieure (choix des antibiotiques, durée du traitement, bilan urologique).

Fig. 11.2. Prise en charge de l’infection urinaire chez l’homme.

Les principales complications des infections urinaires masculines sont :

• la rétention d’urines (parfois révélatrice) ;
• l’épididymite aiguë associée, par infection ascendante par voie déférentielle ;
• l’abcès prostatique à suspecter devant des signes infectieux persistant malgré 48 heures d’antibiothérapie efficace et l’existence au TR d’une zone fluctuante très douloureuse ;
• le sepsis grave, voire le choc septique, mettant en jeu le pronostic vital ;
• et enfin le passage à la chronicité.

B. Biologie

La BU est conseillée à la phase initiale de la prise en charge. Au cours des infections urinaires masculines, la détection de leucocytes et/ou de nitrites urinaires a une forte valeur prédictive positive (> 85 %) et conforte le diagnostic en cas de signes cliniques évocateurs même si le diagnostic est essentiellement clinique.

L’ECBU, prélevé avant toute antibiothérapie, doit systématiquement être réalisé. Le seuil de bactériurie dans les infections urinaires masculines est fixé à 10³ UFC/mL.

La réalisation d’hémocultures, prélevées avant toute antibiothérapie, n’est recommandée qu’en cas de fièvre.

Le dosage de l’antigène spécifique de prostate (PSA) n’est pas recommandé.

C. Imagerie initiale

Une échographie des voies urinaires par voie sus-pubienne est recommandée en urgence (< 24 h) en cas de douleur lombaire, lorsqu’une rétention d’urines est suspectée ou dans des contextes particuliers (antécédent de calcul urinaire, sepsis grave). L’échographie par voie endorectale est contre-indiquée à la phase aiguë en raison de son caractère très douloureux.

D. Traitement

Hospitalisation ou traitement ambulatoire ?

Une prise en charge hospitalière est recommandée en cas :

• de signe de gravité (sepsis grave ou choc septique) ;
• de rétention aiguë d’urines ;
• d’immunodépression grave.

Elle peut parfois être indiquée au cas par cas s’il existe des facteurs de risque de complication surajoutés :

• âge avancé ;
• uropathie sous-jacente ;
• déficit immunitaire non grave ;
• insuffisance rénale avec clairance < 30 mL/min.

Comme pour les PNA, certaines situations requièrent également une hospitalisation :

• forme hyperalgique ;
• doute diagnostique ;
• vomissements rendant impossible un traitement par voie orale ;
• conditions socio-économiques défavorables ;
• doutes concernant l’observance du traitement ;
• traitement par antibiotiques à prescription hospitalière (rares situations de polyallergie).

Dans les autres situations, une prise en charge ambulatoire est possible.

1. Traitement antibiotique

S’agissant d’une infection urinaire à risque de complication avec des taux de résistance accrus, il est proposé dans les formes pauci-symptomatiques d’attendre le résultat de l’ECBU pour débuter l’antibiothérapie, afin de traiter une infection documentée d’emblée.

Dans les autres situations, une antibiothérapie probabiliste doit être réalisée dès les prélèvements bactériologiques réalisés.

L’antibiothérapie probabiliste recommandée est similaire à celle des PNA à risque de complication dans la majorité des cas, ou identique aux PNA graves en cas de signe de gravité.

Le traitement des infections urinaires masculines documentées privilégie les fluoroquinolones en cas de bactérie sensible, même lorsque d’autres antibiotiques à spectre plus étroit sont disponibles, en raison de l’importance de la diffusion prostatique.

Le TMP-SMX est une alternative aux fluoroquinolones car sa diffusion prostatique est très bonne.

Le céfixime, l’amoxicilline-acide clavulanique, la fosfomycine-trométamol, la nitrofurantoïne n’ont pas de place dans le traitement des IU masculines en relais ou en en traitement probabiliste, en raison d’une diffusion prostatique insuffisante.

2. Durée du traitement

Une durée de traitement minimale de 14 jours est recommandée pour les infections traitées par fluoroquinolones ou TMP-SMX, même chez les patients pauci-symptomatiques. Une durée de traitement d’au moins 21 jours doit être discutée :

• en cas de trouble urinaire sous-jacent préexistant ou ne régressant pas sous traitement antibiotique ;
• lorsque d’autres facteurs de risque de complication sont associés (lithiase urinaire, immunosuppression…) ;
• lorsque le traitement fait appel à d’autres molécules que les fluoroquinolones ou le TMP-SMX.

3. Traitement urologique

En présence d’une rétention aiguë d’urines, le drainage des urines est impératif, classiquement par un cathéter sus-pubien.

Certaines mesures associées sont recommandées comme le traitement symptomatique (antalgiques, antipyrétiques, et les ?-bloquants en cas de dysurie).

En présence d’un abcès prostatique, le traitement antibiotique est à lui seul souvent efficace. Le drainage chirurgical est à discuter en cas d’évolution défavorable malgré une antibiothérapie adaptée.

4. Cas particulier

Il faut savoir prendre en charge le cas particulier de la prostatite aiguë iatrogène après biopsies de prostate. Il s’agit d’une urgence médicale qui peut mettre en jeu le pronostic vital. Une hospitalisation initiale est recommandée avec la réalisation d’un ECBU et d’hémocultures. Une bi-antibiothérapie intraveineuse probabiliste est recommandée associant des C3G injectables et un aminoside (en raison de la sélection des germes par l’antibioprophylaxie par fluoroquinolone), adaptée dans un second temps aux données de l’antibiogramme.

5. Bilan ultérieur

En cas d’évolution favorable, il est recommandé de ne pas prévoir d’ECBU de contrôle systématique, ni sous traitement, ni à distance de la fin du traitement.

En cas d’évolution défavorable (persistance de la fièvre au-delà de 72 heures malgré une antibiothérapie adaptée), il est recommandé de faire :

• une imagerie pour rechercher une complication (notamment abcès prostatique ou extension périprostatique), soit par IRM de la prostate soit par échographie par voie endorectale si elle est possible ;
• un ECBU sous traitement antibiotique.

Lors d’un premier épisode d’infection urinaire masculine aiguë, l’interrogatoire et l’examen clinique doivent être détaillés pour rechercher une anomalie anatomique et/ou fonctionnelle des voies urinaires : pollakiurie, nycturie, dysurie, diminution de la force du jet, urgenturies, anomalies au toucher rectal.

Dès le 2e épisode ou si une anomalie est suspectée (notamment après 50 ans), une échographie des voies urinaires avec quantification du résidu post-mictionnel, une consultation avec un urologue et une débitmétrie urinaire sont recommandées.

Ce qui est nouveau :

• la place de la BU dans le diagnostic ;
• le traitement différé des infections urinaires masculines pauci-symptomatiques ;
• la précision des critères d’hospitalisation ;
• l’absence d’ECBU de contrôle systématique ;
• les recommandations d’explorations urologiques complémentaires.

VII – Infections urinaires chez la femme enceinte

Ce sont les infections bactériennes les plus fréquentes au cours de la grossesse du fait de facteurs favorisants :

• modifications physico-chimiques de l’urine ;
• action myorelaxante sur le sphincter de la progestérone ;
• compression vésicale par l’utérus gravide.

A – Bactériurie asymptomatique

Par définition, il s’agit d’une patiente asymptomatique avec deux ECBU positifs avec la même bactérie (bactériurie ? 10⁵UFC/mL). Le dépistage est recommandé pendant la grossesse, tous les mois à partir du 4e mois, par une BU suivie d’un ECBU en cas de positivité.

En l’absence de traitement, la persistance de la bactériurie tout au long de la grossesse majore le risque de PNA (20 à 40 %) et le risque de complications fœtales (accouchement prématuré, infection néonatale).

L’antibiothérapie est systématique, après obtention de l’antibiogramme, en privilégiant :

• amoxicilline ;
• céfixime ;
• cotrimoxazole (à éviter par prudence au 1er trimestre) ;
• nitrofurantoïne (à éviter au 9e mois) ;
• pivmécillinam.

La durée du traitement est de 5 jours (7 jours pour nitrofurantoïne). Un ECBU de surveillance 8 à 10 jours après l’arrêt du traitement est nécessaire, suivi d’un ECBU mensuel.

B – Cystite aiguë gravidique

Le diagnostic repose sur les symptômes et la réalisation d’un ECBU. Le traitement antibiotique probabiliste doit être débuté sans attendre les résultats de l’antibiogramme (risque materno-fœtal) en utilisant céfixime ou nitrofurantoïne (sauf au 9e mois). L’antibiothérapie de relais sera adaptée à l’antibiogramme comme pour la bactériurie asymptomatique (choix et durée). Un ECBU de surveillance 8 à 10 jours après l’arrêt du traitement est nécessaire, suivi d’un ECBU mensuel.

C – Pyélonéphrite aiguë gravidique

L’hospitalisation initiale est recommandée. Le bilan en urgence comprend un ECBU, une échographie des voies urinaires et un bilan du retentissement materno-fœtal.

L’antibiothérapie probabiliste doit être débutée en urgence, idéalement par une C3G parentérale (ceftriaxone ou céfotaxime). En cas de forme sévère (PNA obstructive, sepsis sévère) ou en cas de sepsis, il faut ajouter initialement un aminoside (amikacyne, gentamycine, nétilmicine, tobramycine) pendant 1 à 3 jours. En cas d’allergie on peut s’orienter vers des molécules comme l’aztréonam ou une monothérapie d’aminoside. L’antibiothérapie de relais sera adaptée à l’antibiogramme pour une durée totale d’au moins 14 jours. Un ECBU de contrôle est recommandé 48 heures après le début de l’antibiothérapie et est nécessaire dans les 8 à 10 jours après l’arrêt du traitement, suivi d’un ECBU mensuel. Une surveillance clinique maternelle et fœtale est indispensable.

VIII – Infections urinaires chez le sujet âgé

A – Bactériurie asymptomatique

Elle est fréquente, favorisée par :

• le diabète ;
• l’alitement ;
• l’incontinence ;
• le sondage à demeure ;
• la carence hormonale chez la femme ;
• l’hyperplasie bénigne de prostate chez l’homme.

Il est bien établi qu’il n’existe pas de bénéfice au traitement. L’efficacité du traitement est seulement transitoire sur la bactériurie et n’a pas d’efficacité sur la morbi-mortalité. Le traitement risque de sélectionner des germes résistants dans le réservoir digestif.

B – Infections urinaires

Le tableau clinique est souvent atténué chez le sujet âgé par un syndrome de glissement, une fièvre nue, une incontinence récente. Il n’y a pas d’indication à une antibiothérapie courte. La posologie doit être adaptée à la clairance de la créatinine (MDRD ou formule de Cockcroft-Gault).

IX – Infections urinaires chez le nourrisson et l’enfant

A. Tableaux cliniques variables

1. Cystites aiguës (infection clinique basse)

Elles se manifestent surtout chez les filles de plus de 3 ans par des dysuries, des brûlures mictionnelles, des pleurs en urinant, une pollakiurie, des urgenturies, des douleurs hypogastriques, des fuites urinaires ou une hématurie macroscopique. Il est possible que la jeune fille présente une fièvre modérée, mais sans douleurs lombaires ni de syndrome inflammatoire biologique.

2. Pyélonéphrites aiguës (infection urinaire fébrile)

Elles sont possibles à tous les âges. Chez le nouveau-né et le nourrisson, attention au tableau clinique souvent trompeur (fièvre nue, troubles digestifs, altération de l’état général), d’où la nécessité d’examens systématiques dans ce contexte (BU et ECBU). Chez le grand enfant, le tableau est plus classique, plus proche de celui de l’adulte.

3. Comment diagnostiquer une IU chez le nourrisson et le jeune enfant

Il est recommandé chez l’enfant de plus d’un mois, en dehors des situations d’urgence et de conditions particulières (notamment neutropénie), que les ECBU ne soient réalisés qu’après réalisation d’une bandelette urinaire positive pour les leucocytes et/ou les nitrites.

Il est préférable de recourir aux autres modes de prélèvement que la poche à urines (prélèvement au jet, cathétérisme urétral, ponction sus-pubienne en fonction de l’urgence et des habitudes de service). L’antibiothérapie ne doit être débutée qu’après les prélèvements bactériologiques. Une hémoculture doit également être réalisée, avant le début du traitement, dans les formes sévères et chez les sujets à risque (< 3 mois, uropathie sous-jacente…).

Trop rapidement débutées, les antibiothérapies rendent le plus souvent impossible le diagnostic de certitude ultérieur d’IU du fait des fortes concentrations urinaires des antibiotiques.

B. Nécessité d’identifier les facteurs de risque et de sévérité

Les facteurs de risque d’évolution préoccupante sont : un âge inférieur 3 mois, l’existence d’une uropathie sous-jacente et une immunodépression.

Les facteurs de risque de sévérité constituée sont : un sepsis marqué (fièvre mal tolérée, altération de l’état général, troubles hémodynamiques) et une déshydratation concomitante.

C. Particularités de la prise en charge

1. Cystites aiguës (infection clinique basse)

Après réalisation de l’ECBU, trois antibiotiques peuvent être utilisés par voie orale en traitement initial :

• amoxicilline-acide clavulanique : 80 mg/kg/j (sans dépasser 3 g/j) en 3 prises ;
• cotrimoxazole : 30 mg/kg/j de sulfaméthoxazole et 6 mg/kg/j de triméthoprime en 2 prises sans dépasser la dose adulte ;
• céfixime : 4 mg/kg toutes les 12 heures sans dépasser la forme adulte.

Durée totale du traitement antibiotique : 5 jours, en adaptant le traitement en fonction de l’évolution clinique et de l’antibiogramme

2. Pyélonéphrites aiguës (infection urinaire fébrile)

L’hospitalisation sera discutée au cas par cas (âge < 3 mois, critères de gravité). On réalisera systématiquement un ECBU. Une antibiothérapie probabiliste initiale sera débutée jusqu’au résultat de l’antibiogramme.

• Enfant hospitalisé (< 3 mois et/ou sepsis, et/ou uropathie connue sévère sous-jacente) :
  • céfotaxime 50 mg/kg/8 h IV (sans dépasser 6 g) ;
  • ou ceftriaxone 50 mg/kg/j en 1 injection IV sur 30 min sans dépasser 2 g ;
  • + amikacine 30 mg/kg/j en 1 injection IV sur 30 min.

Pour les enfants hospitalisés, le céfotaxime devrait être privilégié par rapport à la ceftriaxone du fait d’un moindre impact écologique escompté.

Chez l’enfant de moins d’un mois : la ceftriaxone ne doit pas être administrée avec des perfusions contenant du calcium.

• Enfant de plus de 3 mois consultant aux urgences pédiatriques sans nécessité d’hospitalisation, en fonction des habitudes du service :
  • si un traitement par voie IV est envisagé pendant 2 à 4 jours :
  • amikacine 30 mg/kg/j en 1 injection sur 30 min,
  • ou ceftriaxone 50 mg/kg/j en 1 injection sur 30 min (sans dépasser 2 g) ;
  • si un traitement par voie IM est envisagé : ceftriaxone 50 mg/kg/j en 1 injection (sans dépasser 2 g) ;
  • si c’est un traitement oral (> 3 mois, fièvre d’installation récente, état général conservé, pas d’antécédents d’infection urinaire, ou d’uropathie, ou d’antibiothérapie récente) : céfixime 4 mg/kg toutes les 12 heures.
• Enfant de plus de 3 mois consultant dans un cabinet médical :
  • traitement par voie IM : ceftriaxone 50 mg/kg/j en 1 injection (sans dépasser 2 g) ;
  • ou traitement oral (> 3 m, fièvre d’installation récente, état général conservé, pas d’antécédents d’infection urinaire, ou d’uropathie, ou d’antibiothérapie récente) : céfixime 4 mg/kg toutes les 12 heures.

Quel que soit le traitement initial, et a fortiori s’il s’agit d’un traitement oral il faut récupérer le plus rapidement possible le résultat de l’antibiogramme afin d’adapter le traitement au plus tard dans les 36–48 heures en cas de souche résistante, en utilisant par ordre de préférence : amoxicilline, cotrimoxazole, céfixime, ciprofloxacine.

La durée totale moyenne du traitement est de 10 jours.

Sauf situation particulière, il n’y a pas lieu de prescrire une cystographie rétrograde ou une antibioprophylaxie après une première pyélonéphrite aiguë.

Pour en savoir plus

• Diagnostic et antibiothérapie des infections urinaires bactériennes communautaires chez l’adulte. Recommandations SPILF 2014.
• Prise en charge des infections urinaires de l’enfant. Recommandations GPIP & SPILF 2014.
• Recommandations du comité d’infectiologie de l’Association française d’urologie. Diagnostic et traitement des infections bactériennes urinaires de l’adulte : Généralités. Prog Urol 2008 ; 18(Suppl. 1) : 4–8.
• Recommandations du comité d’infectiologie de l’Association française d’urologie. Diagnostic et traitement des infections bactériennes urinaires de l’adulte : Cystites aiguës. Prog Urol 2008 ; 18(Suppl. 1) : 9–13.
• Recommandations du comité d’infectiologie de l’Association française d’urologie. Diagnostic traitement des infections bactériennes urinaires de l’adulte : Pyélonéphrites aiguës. Prog Urol 2008 ; 18(Suppl. 1) :14–18.
• Recommandations du comité d’infectiologie de l’Association française d’urologie. Diagnostic et traitement des infections bactériennes urinaires de l’adulte : Prostatites aiguës.  Prog Urol 2008 ; 18(Suppl. 1) : 19–23.