Développement d’un code barre moléculaire pronostique dans le cancer du rein métastatique basé sur la méthode QMPSF : résultats préliminaires
Objectifs. Développer une nouvelle méthode permettant de réaliser en routine, pour les patients traités par thérapies ciblées (TC) pour un cancer du rein métastatique (CRM), l’analyse simultanée des principales altérations moléculaires quantitatives (AMQ) identifiées comme pronostiques du CRM.
Méthodes. La méthode reposait sur la QMPSF (Quantitative Multiplex PCR of Short fluorescent Fragments), initialement développée pour détecter les AMQ dans le cancer colorectal. D’après la littérature, 14 gènes situés sur des régions chromosomiques présentant des AMQ (pertes ou gains) dans les CRM ont été sélectionnés : EGFR (chromosome 7p12), MYC (8q24), CDK4 (12q13), SLC7A8 (14q11), MCM2(3q21), KIF1B (1p36), PDGFRB (5q31), PDCD1 (2q37), PTTG1 (5q35), VHL (3p25), PLG (6q26), CDKN2A (9p21), ALDOB (9q21), LPCAT1 (5p15). À partir de tissus rénaux congelés, issus de pièces de néphrectomies, les 14 fragments exoniques correspondant à ces gènes étaient amplifiés simultanément par PCR à partir de l’ADN du tissu tumoral et du tissu sain avoisinant, en utilisant des amorces marquées par fluorochrome. Deux gènes contrôles étaient intégrés pour étalonner les mesures : CPNE1 (20q11), DCHS2 (4q31). Après migration électrophorétique sur séquenceur, le profil QMPSF issu du tissu tumoral était superposé à celui du tissu sain pour identifier les AMQ survenues au sein de la tumeur.
Résultats. Le développement de la méthode a été réalisé sur un échantillon de 7 patients présentant tous des carcinomes à cellules claires. Six (85 %) tumeurs présentaient au moins une AMQ. Nous avons observé en moyenne par patient 6,3 AMQ pour 14 gènes explorés (45 %). Les gènes les plus fréquemment altérés étaient : EGFR, MYC, PDGFRB, PDCD1, PTTG1 et LPCTA1, altérés chacun pour 4 tumeurs. Enfin, tous les gènes étudiés présentaient au moins une AMQ parmi les 7 tumeurs.
Conclusion. Nous avons développé un code barre moléculaire basé sur la QMPSF permettant l’analyse simultanée des principales AMQ potentiellement pronostiques du CRM. L’étude de l’impact de ces AMQ est actuellement en cours sur une série de patients traités par TC pour un CRM.
