La sensibilité aux antibiotiques des bactéries uropathogènes dans la ville de Nouakchott – Mauritanie

25 mai 2016

Auteurs : N.S.M. Hailaji, M.L. Ould Salem, S.M. Ghaber
Référence : Prog Urol, 2016, 6, 26, 346-352
Introduction

L’infection urinaire (IU) est une pathologie fréquente aussi bien en communauté qu’à l’hôpital. Au cours de ces dernières années, on a assisté à une augmentation de l’incidence des résistances aux antibiotiques des germes responsables d’IU, notamment à cause de l’émergence des entérobactéries ayant une bêtalactamase à spectre étendu (BLSE).

But

Le but de ce travail était d’étudier l’épidémiologie des germes responsables des infections urinaires, ainsi que leur sensibilité aux antibiotiques au niveau de 3 laboratoires d’analyses médicales dans la ville de Nouakchott (Mauritanie) chez tous les patients se présentant à ces laboratoires pour ECBU durant une période de six mois.

Matériels et méthodes

Il s’agit d’une étude prospective réalisée au niveau de trois laboratoires d’analyses médicales à Nouakchott, sur une période de six mois allant du début janvier à fin juin 2014 chez tous les patients se présentant à ces structures pour ECBU durant cette période. La culture a été faite selon les techniques usuelles, et l’antibiogramme a été réalisé selon les recommandations du Comité de l’antibiogramme de la Société française de microbiologie (CA-SFM). L’analyse statistique a été effectuée à l’aide du logiciel SPSS Statistics 20.

Résultats

Sur 3082 prélèvements d’urine, 568 répondaient aux critères d’infection urinaire, soit 18,4 % de positivité. Ces infections ont concerné des patients hospitalisés (17,8 %) et surtout des consultants externes (82,2 %). Le sex-ratio F/H était 1,6. L’épidémiologie des infections urinaires au niveau de ces 3 laboratoires d’analyses médicales est globalement comparable aux données de la littérature en ce qui concerne l’âge, le sexe, le terrain, et le germe le plus fréquemment responsable (Escherichia coli 64,4 %). Mais, des différences sur les résistances sont observées : résistances plus élevées aux bêtalactamines, aux quinolones de 1re génération, aux fluoroquinolones et au cotrimoxazole. L’IU était fréquente chez les patients sondés (64,9 %), les diabétiques (52,4 %), les hospitalisés (49,3 %), et chez les femmes enceintes (38,7 %). La prévalence des infections urinaires à entérobactéries productrices des BLSE dans notre étude était de 12,8 %, parmi toutes les infections urinaires à entérobactéries. Les souches d’E. coli et de Klebsiella spp isolées ont exprimé une BLSE respectivement dans 10,4 et 20,4 % des cas.

Conclusion

La répartition des souches dans notre étude est comparable à la littérature, en revanche, la résistance aux antibiotiques est plus importante dans notre série, conséquence probablement de l’usage inapproprié de ces molécules dans notre pays, d’où l’intérêt de prévoir une bonne stratégie d’approvisionnement et de dispensation de ces molécules ainsi que la révision du traitement empirique des IU dans notre pays.

Niveau de preuve

4.




 




Introduction


Les infections urinaires (IU) sont fréquentes aussi bien en milieu hospitalier qu'en milieu communautaire. Au cours de ces dernières années, on a assisté à une augmentation de l'incidence des résistances aux antibiotiques des germes responsables des IU, notamment à cause de l'émergence des entérobactéries productrices d'une bêtalactamase dite à spectre étendu (BLSE) [1, 2].


Dans notre pays l'examen cytobactériologique des urines (ECBU), qui est le seul élément de diagnostic de certitude, n'est que rarement demandé en cas de suspicion d'IU, l'auto médication est aussi une pratique courante de nos patients. Ces facteurs, entre autres, ont amené à une forte sélection des bactéries multirésistantes. Pour ces raisons l'étude de l'épidémiologie des bactéries responsables des IU et surtout leur sensibilité aux antibiotiques nous semblent nécessaires pour aboutir à des recommandations thérapeutiques des IU en Mauritanie.


Le but de ce travail était d'étudier l'épidémiologie des germes responsables des infections urinaires toutes confondues (hautes et basses), ainsi que leur sensibilité aux antibiotiques au niveau de 3 laboratoires d'analyses médicales dans la ville de Nouakchott chez tous les patients se présentant à ces laboratoires pour ECBU durant une période de six mois, afin de mieux guider l'antibiothérapie de première intention.


Patients et méthodes


Nous rapportons les résultats d'une étude prospective descriptive réalisée entre janvier et juin 2014 au niveau de 3 laboratoires d'analyses médicales dans la ville de Nouakchott, il s'agit : du laboratoire de bactériologie du centre hospitalier national (CHN) de Nouakchott, du laboratoire d'analyses médicales MEDILAB et du laboratoire d'analyses médicales MAURILAB, chez tous les patients se présentant à ces structures pour ECBU durant cette période.


Pour éviter toute souillure par la flore commensale le protocole de prélèvement a été bien expliqué aux patients ou le cas échéant, au personnel médical.


Critères d'inclusion et d'exclusion


Ont été inclus dans notre étude tous les patients ayant une leucocyturie supérieure ou égale à 104/mL associée à :

une bactériurie supérieure ou égale à 103UFC/mL chez l'homme ;
une bactériurie supérieure ou égale à 103UFC/mL chez la femme si le germe isolé est Escherichia coli ou Staphylococcus saprophyticus ;
une bactériurie supérieure ou égale à 104UFC/mL chez la femme si le germe isolé est autre que les deux espèces précédentes.


Chez les patients sondés le seuil de bactériurie était de 105UFC/mL [3].


Ont été exclus tous les patients ayant un ECBU négatif ou positif associé à une parasitose.


Méthodologie


L'identification a été réalisée selon les caractères morphologiques, culturaux et métaboliques des germes, et l'antibiogramme a été réalisé selon les recommandations du Comité de l'antibiogramme de la Société française de microbiologie (CA-SFM) [4]. La recherche de sécrétion de ß-lactamases à spectre étendu (BLSE) a été établie par le test de synergie entre un disque central d'amoxicilline-acide clavulanique distant de 30mm des disques de céfotaxime, ceftazidime et ceftriaxone. La saisie et l'analyse des données ont été effectuées à l'aide du logiciel SPSS Statistics 20.


Résultats


Nous avons étudié 3082 prélèvements d'urines dont 568 répondaient aux critères d'infection urinaire, soit 18,4 % de positivité. Ces infections ont concerné des patients hospitalisés (17,8 %) et surtout des consultants externes (82,2 %). L'âge moyen dans notre série était de 44,7ans avec des extrêmes de 15jours et 91ans.


Le sexe féminin était prédominant avec 61,7 % de femmes pour 38,3 % d'hommes, ce qui correspond à un sex-ratio F/H de 1,6.


Parmi les malades, 64,9 % (368) avaient au moins un des symptômes urinaires suivants (brûlure mictionnelle, dysurie, pollakiurie, hématurie). Les autres patients présentaient d'autres symptômes (douleurs abdominales, syndrome infectieux chez l'enfant, fièvre...).


Ont été effectués à domicile 73,2 % des prélèvements, 20,7 % à l'hôpital et 6,1 % au niveau des laboratoires.


L'infection urinaire était présente chez 49,3 % de patients hospitalisés (76/154), 28,9 % de consultants externes (349/1208), 64,9 % de patients sondés (74/114), 52,4 % de patients diabétiques (86/164), et sur 756 femmes, 98 étaient enceintes dont 38 ont développé une UI soit 38,7 %.


Les bacilles Gram négatif représentaient 94 % des souches bactériennes isolées, dont 92,2 %, sont des entérobactéries et les cocci gram positif représentaient 6 %. La fréquence de répartition des souches bactériennes isolées dans notre étude est représentée dans le Tableau 1.


La production de BLSE a été observée chez 67 souches d'entérobactéries soit une prévalence globale de 12,8 %. Les souches d'E. coli et de Klebsiella spp produisent une BLSE respectivement dans 10,4 et 20,4 % des cas.


Parmi 74 souches hospitalières, 8 produisent une BLSE, soit 10,8 % et sur 332 germes externes, 26 produisent une BLSE, soit 7,8 %.


La répartition des entérobactéries productrices des BLSE (E-BLSE) au sein de chaque espèce isolée est représentée dans le Tableau 2.


En ce qui concerne la résistance nous avons constaté des résistances plus élevées aux bêtalactamines, aux quinolones de 1re génération, aux fluoroquinolones et au cotrimoxazole. Les pourcentages de résistance aux antibiotiques des souches d'E. coli et de Klebsiella spp isolées sont présentés dans le Tableau 3.


Discussion


Notre étude montre que l'épidémiologie des infections urinaires au niveau de ces trois laboratoires est globalement comparable aux données de la littérature mondiale en ce qui concerne l'âge, le sexe, le terrain et le germe le plus fréquemment responsable qui est l'E. coli . Cette dernière a dominé le profil épidémiologique aussi bien pour les germes hospitaliers (50 %) que communautaires (61,7 %).


Notre taux d'ECBU positif, qui est de 18,4 %, est un peu plus élevé que celui trouvé par Ben Haj Khalifa et al. en Tunisie (15,44 %) [5] et Romli au Maroc (11 %) [2]. Ces prélèvements concernaient essentiellement des consultants externes (82,2 %). Une situation qui trouve sa justification dans le fait que l'IU constitue une des infections bactériennes communautaires les plus fréquentes [6].


Les bacilles à Gram négatif, dans notre étude, représentaient 94 % de l'ensemble des germes isolés. Ils sont représentés essentiellement par les entérobactéries (92,2 %) avec en tète de liste l'E. coli (64,4 %). Notre constat est partagé par d'autres auteurs avec des taux variables [2, 7, 8].


La physiopathologie ascendante de l'IU ainsi que la forte colonisation du périnée par les entérobactéries d'origine digestive, associées aux facteurs spécifiques d'uropathogénicité telles que les adhésines bactériennes capables de se lier à l'épithélium urinaire expliquent cette prédominance [6, 9].


Parmi les entérobactéries isolées dans notre étude, Klebsiella spp vient en deuxième position avec 24,1 %, un résultat proche de celui trouvé par d'autres études avec des taux variables [10, 11].


Le taux de prévalence des E-BLSE dans notre étude était de 12,8 %. En fait, ce taux varie d'un pays à un autre et d'un centre à un autre. À titre d'exemple, les pays du Sud de l'Europe enregistraient des taux dépassant les 10 % ; en revanche, ceux du Nord en enregistraient moins de 5 % [12]. Au Maroc, Lahlou et al. ont retrouvé un taux de 9 % [11]. En 2010, une étude réalisée dans un service d'urologie à l'hôpital Ibn Sina de Rabat a montré un taux de 17,5 % [13].


Notre taux de prévalence de 12,8 % doit attirer notre attention sur l'ampleur de la dissémination inéluctable et éventuellement dramatique de ces souches en l'absence de mesures de lutte et de prévention, surtout que la majorité de nos malades (82,2 %) étaient des consultants externes. Ceci serait lié à l'importance de la prévalence du portage fécal des E-BLSE chez nos patients en communautaire.


Il est donc évident que ce type de souches n'est plus l'apanage du milieu hospitalier, comme en témoignent par ailleurs, les données de la littérature mondiale.


Notre étude met l'accent sur la place majeure de Klebsiella avec environ 41,8 % des isolats des E-BLSE ; Klebsiella est en même temps la bactérie la plus pourvoyeuse de BLSE au sein de son genre à raison de 20,4 % de toutes les Klebsielles suivie d'E. coli 10,4 %, constat reproduit par Lahlou et al. [11].


Pour Ben Haj Khalifa et al., Klebsiella produisait des BLSE dans 20,2 % des cas [14], alors que pour Romli et al. ce taux touche 25 % des cas [2]. Cependant, certains auteurs relatent un déclin de cette dominance en faveur d'Enterobacter ou d'E. coli [15, 16].


La répartition des entérobactéries productrices des BLSE ainsi que le pourcentage du phénotype BLSE pour chaque espèce sont représentés dans le Tableau 4.


Profil de sensibilité des souches d'E. coli


Notre étude confirme le caractère inquiétant de l'évolution de la résistance d'E. coli aux Aminopenicillines. Ainsi, il apparaît que seules 17,9 % des souches d'E. coli sont sensibles à l'amoxicilline. Cette observation est conforme aux résultats de certains auteurs notamment africains : Podie à Cotonou a obtenu 19,9 % de souches sensibles à l'amoxicilline [17], pour Aknaf 17,2 % de souches d'E. coli sont sensibles à l'amoxicilline [18].


Ce taux de résistance élevé peut être expliqué par l'utilisation médicale abusive de cet antibiotique dans nos structures sanitaires mais aussi par l'automédication.


Par ailleurs, une étude réalisée en France a trouvé que plus de 50 % des ces souches sont résistantes à l'amoxicilline [19].


Les aminosides gardent une bonne activité, essentiellement l'amikacine et à moindre degré la gentamicine atteignant respectivement 99 % et 85,9 %.


Les résistances acquises concernent surtout les entérobactéries productrices de BLSE, ce constat est d'ailleurs partagé par d'autres auteurs [9, 11].


L'émergence de souches résistantes à la cefotaxime, qui est l'un des antibiotiques les plus actifs sur les entérobactéries, est de plus en plus observée [9]. Dans notre étude, le taux de résistance d'E. coli à cet antibiotique était de 18,4 %, contrairement à ce qui a été montré par d'autres études qui ont trouvé un taux de résistance inférieur à 5 % [20, 21, 22].


Le taux de résistance d'E. coli au cotrimoxazole était de 50,7 %, il est nettement supérieur à celui noté en Europe (20 à 30 %) [22, 23]. Cette molécule est à éviter en première intention par nos praticiens car son taux de résistance est assez élevé.


Dans notre travail, les taux de résistance d'E. coli à la ciprofloxacine et à l'acide nalidixique sont respectivement de 28,6 % et 40,6 %, des résultats proches de ceux rapportés par Lahlou Amine [11]. Par contre, d'autres études ont trouvé un taux de résistance inférieur à 20 % [21, 24].


En France, la résistance des souches d'E. coli aux fluoroquinolones est très variable : 3 % à 25 % selon la présentation clinique et le terrain [3].


Cette émergence de la résistance pourrait être expliquée par le fait qu'un traitement probabiliste de première intention d'une IU, à base d'une fluoroquinolone est souvent utilisé dans notre pays.


L'émergence de la résistance des entérobactéries aux quinolones et aux fluoroquinolones constitue le principal problème lié à leur utilisation. Cette résistance fait intervenir différents mécanismes dont le plus fréquent est la modification des cibles, ADN gyrase et/ou topoisomérase IV par mutation ponctuelle d'un acide aminé.


Profil de sensibilité des souches de Klebsiella spp


Nous avons enregistré 48 % de résistance pour l'acide nalidixique, 36,5 % pour l'ofloxacine et 33,6 % pour la ciprofloxacine.


À Bamako, Tahirou a trouvé que la sensibilité de Klebsiella pneumoniae aux céphalosporines de deuxième et troisième générations est de 84 % pour la cefoxitine et 58 % pour la cefotaxime [25]. Dans notre travail, nous avons enregistré 62,1 % de sensibilité pour cefotaxime et 68,5 % pour cefoxitine. Ce taux de sensibilité plus élevé pour la cefoxitine que pour la cefotaxime s'explique par le nombre important des souches productrices des BLSE parmi les souches de Klebsiella isolées.


Il est à signaler que la production des BLSE ne pourrait expliquer seule le taux élevé de résistance aux céphalosporines de 3e génération dans notre série, d'autres mécanismes de résistance telle que la production de céphalosporinases plasmidiques, y seraient probablement associés [26].


Il est à noter également que 21,2 % des souches de Klebsiella étaient résistantes à la fosfomycine, sans qu'on ait une explication de cette résistance élevée par rapport à la littérature.


La sensibilité des isolats de Klebsiella à la gentamicine était de 79,7 %, comparable à celle décrite en France (65-70 %) [3].


Conclusion


La diffusion des bactéries productrices des BLSE est et restera une problématique majeure des prochaines décennies.


Ce constat de multirésistance est certes alarmant et doit conduire les praticiens à une prescription rationnelle des antibiotiques, guidée de préférence par les résultats d'un antibiogramme correctement réalisé et interprété et ce, pour diminuer la pression de sélection exercée par une antibiothérapie à large spectre, parfois abusive et inadéquate.


Dans notre contexte, il est important de suivre l'évolution de l'épidémiologie des infections urinaires aussi bien en communauté qu'à l'hôpital, de connaître les profils de résistance aux antibiotiques, voire de déterminer l'enzyme en cause afin d'agir de manière ciblée et pouvoir ajuster les politiques de lutte et de prévention contres les bactéries multirésistants.


Recommandations


Nous proposons, à la lumière des résultats obtenus, la mise en Å“uvre de quelques mesures devant déboucher sur un meilleur contrôle des ces phénomènes de résistance aux antibiotiques :

éviter les prescriptions probabilistes d'antibiotiques et mettre en place de bonnes pratiques en matière d'antibiothérapie aussi bien dans la communauté qu'à l'hôpital ;
éviter l'usage trop fréquent d'une même classe d'antibiotique dans nos structures sanitaires et sensibiliser les praticiens sur une prescription rationnelle des antibiotiques, guidée de préférence par un antibiogramme correctement réalisé et interprété ; dans ce cadre nous recommandons de limiter la prescription des fluoroquinolones, qui présentent des niveaux de résistances inquiétants ;
éviter la prescription de l'amoxicilline+acide clavulanique et des C3G dans le traitement des IU masculines (efficacité limitée et effet délétère, des formes orales, sur le microbiote intestinal) [3] ;
être prudent dans l'usage des bandelettes urinaires (BU). En effet, bandelette la BU seule n'est recommandée que dans la cystite aiguë simple. Dans toutes les autres situations, elle ne sert que comme aide au diagnostic et d'autres arguments doivent être pris en considération [3]. Il est à signaler que dans notre contexte où la bilharziose est assez fréquente l'usage de ces BU pourrait amener à une surprescription d'ECBU ;
renforcer la surveillance de sensibilité des bactéries aux antibiotiques dans notre pays et mettre en place une stratégie thérapeutique adaptée à l'épidémiologie locale pour le traitement des infections urinaires.


Dans ce cadre le traitement d'une IU peut poser des problèmes thérapeutiques. À l'hôpital, les germes multirésistants responsables d'IU peuvent nécessiter des molécules qui ne sont toujours pas disponibles (imipénème, amikacine, netilmicine...).


Chez les consultants externes comme chez les hospitalisés, le pourcentage de résistances acquises ajoutées aux résistances naturelles rend aujourd'hui nécessaire une prescription fondée sur un antibiogramme, ce qui n'est pas encore la règle chez les praticiens exerçant dans des zones éloignées des centres hospitaliers.


Pour les consultants externes, nous recommandons l'utilisation de certaines molécules qui ne sont habituellement pas utilisées dans notre pays pour le traitement d'une cystite aiguë simple et qui gardent une bonne activité, comme la fosfomycine :

réaliser systématiquement un ECBU au cours des syndromes infectieux chez les enfants en général et respecter les conditions de réalisation des prélèvements urinaires ;
l'accès palustre endémique dans les pays africains comme le nôtre fait perdre au clinicien le réflexe de la réalisation de l'ECBU au profit de la goutte épaisse devant un syndrome infectieux chez l'enfant ; une telle situation retarde le délai de diagnostic positif de l'infection urinaire et prédispose parfois à une antibiothérapie tardive voire inefficace, source d'infection urinaire compliquée, avec apparition de résistance de germes au traitement habituel ;
disponibiliser les antibiotiques actifs sur les bactéries hospitalières multirésistantes tels que : l'imipénème, l'amikacine ;
imposer le respect des règles d'hygiène dans nos structures hospitalières et veiller à ce que les équipes médicales chargées des soins réalisent des gestes quotidiens de façon aseptique, particulièrement en cas de sondage urinaire ;
lutter contre la vente libre des antibiotiques par les officines et sensibiliser la population sur le danger de l'automédication.


Ce n'est qu'au prix de ces efforts constants et continus que l'on pourra espérer ralentir l'émergence des multirésistances des germes responsables d'IU et espérer un jour renverser la tendance.


Déclaration de liens d'intérêts


M.L. Ould Salem est le directeur du laboratoire MEDILAB et S.M. Ghaber est le directeur du laboratoire MAURILAB.




Tableau 1 - Fréquence de répartition des souches bactériennes isolées d'examens cytobactériologiques des urines.
Germes  Effectif  Pourcentage (%) 
Escherichia coli   366  64,4 
Klebsiella spp   137  24,1 
Staphylococcus aureus   30  5,7 
Proteus mirabilis   11  1,9 
Pseudomonas aeruginosa   1,6 
Citrobacter koseri   0,7 
Enterobacter cloacae   0,7 
Staphylococcus saprophyticus   0,7 
Acinetobacter baumannii   0,2 
Morganella morganii   0,2 
Salmonella spp   0,2 
Total  568  100,0 





Tableau 2 - Pourcentage des souches BLSE au sein de chaque entérobactérie.
Souche  E-BLSE  Entérobactérie  Pourcentage (%) 
Escherichia coli   38  366  10,4 
Klebsiella spp   28  137  20,4 
Enterobacter cloacae   25 
Proteus mirabilis   11 
Citrobacter koseri  
Total  67  522  12,8 



Légende :
BLSE : bêtalactamase à spectre étendu ; E-BLSE : entérobactéries productrices des BLSE.



Tableau 3 - Pourcentage de résistance aux antibiotiques des souches d'Escherichia coli et de Klebsiella spp isolées.
Antibiotique  Escherichia coli   Klebsiella spp  
Amoxicilline  82,1  RN 
Amoxicilline+acide clavulanique  28,2  35,1 
Ticarcilline  77,2  RN 
Imipeneme 
Cefalotine  60,9  60,7 
Cefoxitine  19,8  31,5 
Cefotaxime  18,4  37,9 
Netilmicine  7,6 
Gentamicine  13,5  19,5 
Ofloxacine  28,3  36,5 
Ciprofloxacine  28,6  33,6 
Colistine  1,7  0,8 
Acide nalidixique  40,6  48,0 
Cotrimoxazole  58,4  44,6 
Fosfomycine  4,3  21,2 
Nitrofuranes  38,9  30,9 
Tétracycline  66,1  49 



Légende :
RN : résistance naturelle.



Tableau 4 - La répartition des entérobactéries BLSE ainsi que le pourcentage du phénotype BLSE pour chaque entérobactérie isolée.
Souche  E-BLSE  Pourcentage (%)  Entérobactéries  Pourcentage (%) 
Escherichia coli   38  56,71  366  10,4 
Klebsiella spp   28  41,79  137  20,4 
Enterobacter cloacae   1,49  25 
Proteus mirabilis   11 
Citrobacter koseri  
Total  67  100  522  12,8 



Légende :
BLSE : bêtalactamase à spectre étendu ; E-BLSE : entérobactéries productrices des BLSE.


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