Corrélation bactériologique entre les calculs urinaires et l’ECBU préopératoire : a-t-il un impact sur le risque infectieux postopératoire ? (expérience marocaine)

12 février 2021

Auteurs : A. Saouli, Y. Jabri, T. Karmouni, K. Elkhader, A. Koutani, A. Iben Attya Andalousi
Référence : Prog Urol, 2021, 2, 31, 78-84
But

Les objectifs de ce travail étaient d’évaluer l’impact de l’examen préopératoire des urines et du caractère infecté des calculs sur la survenue du sepsis urinaire postopératoire.

Matériel et méthodes

Une étude prospective monocentrique a inclus 29 patients opérés de la lithiase urinaire entre janvier et juin 2018.

Résultats

Le sepsis urinaire postopératoire a été observé chez 4 patients (14 %). Le taux de colonisation urinaire sur l’ECBU préopératoire était de 27,6 % (8 sur 29) alors que le taux de calculs colonisés était de 31 % (9 sur 29). La survenue d’un sepsis urinaire a été constatée chez 37,5 % (3 sur 8) des patients ayant une colonisation urinaire, par rapport à 44,4 % des patients ayant des calculs colonisés (4 sur 9). En comparant les résultats bactériologiques observés lors du sepsis, les germes isolés dans les urines postopératoires étaient les mêmes retrouvés dans la culture des calculs. La nature chimique des calculs colonisés était principalement l’oxalate de calcium (monohydraté, dihydraté) p =0,02. Il existe une corrélation statistiquement significative entre l’examen préopératoire d’urine, la culture bactériologique de calculs et le sepsis urinaire postopératoire (p =0,05, p =0,005) respectivement.

Conclusion

Notre étude a mis en évidence une forte association entre la culture bactériologique des calculs et le sepsis urinaire postopératoire supérieure à celle de la culture urinaire préopératoire. Elle permet d’anticiper la survenue d’une septicémie chez des patients nécessitant de nombreux traitements endoscopiques. Cependant, plusieurs séries prospectives multicentriques peuvent s’avérer nécessaires pour valider ces résultats.

Niveau de preuve

3.




 




Introduction


La lithiase urinaire est la pathologie la plus fréquente en urologie. Les patients lithiasiques ont une proportion plus élevée d'infections des voies urinaires, et dans certaines situations, les infections urinaires peuvent entraîner la formation de calculs urinaires [1].


Plusieurs études récentes ont constaté que le risque de complications infectieuses après les interventions urologiques était en forte corrélation avec la culture des calculs que la culture préopératoire des urines ou des urines prélevées du pyélon. Ces études sont surtout limitées par le nombre faible de patients [2, 3, 4]. Les directives de l'Association européenne d'urologie sur l'urolithiase indiquent que la culture des calculs peut faciliter le choix des antibiotiques en postopératoire [5].


Cependant, plusieurs auteurs ont rapporté que la culture de calculs ou la culture d'urine pyélique est plus informative et la culture d'urine préopératoire n'est pas très utile pour prédire le sepsis urinaire après l'uréteroscopie [6].


Dans une étude de Dajani et al., seulement 14 % des calculs retirés avaient une culture positive [7]. La plupart des cultures ont conclu à des bactéries Gram négatif.


Le sepsis urinaire est fréquent après le traitement des calculs urinaires, il n'y a pas de marqueurs prédictifs d'infection précis et que l'analyse bactériologique des calculs pourrait guider et anticiper l'antibiothérapie en cas de sepsis postopératoire.


Le but de cette étude est de déterminer la corrélation bactériologique entre l'examen préopératoire des urines et les calculs urinaires et leur impact sur le risque infectieux postopératoire.


Matériel et méthodes


Entre janvier et juin 2018, une étude prospective monocentrique a inclus 29 patients qui ont eu une extraction chirurgicale des calculs urinaires.


Les méthodes d'extraction du calcul incluses dans l'étude étaient NLPC, pyélotomie laparoscopique ou ouverte, urétérotomie laparoscopique ou ouverte. Les calculs retirés étaient extraits soit en bloc ou en fragment.


La fragmentation des calculs dans la NLPC a été réalisée grâce à la lithotritie pneumatique, par ailleurs, le laser n'a pas été utilisé dans notre série.


Les milieux non sélectifs sont utilisés pour la culture des calculs tels que le BCP ou bouillon lactosé au pourpre de bromocrésol et le milieu CLED (Cystine Lactose Electrolyt Deficient =milieu enrichi en cystine et lactose et pauvre en ions) pour une durée d'incubation de 48heures.


L'étude spectro-photométrique infrarouge a permis d'analyser la composition chimique de tous les calculs retirés.


Protocole d'ECBU préopératoire


L'ECBU préopératoire était effectué jusqu'à trois semaines avant le jour de l'intervention. L'analyse bactériologique des urines et des calculs urinaires a été réalisée dans le laboratoire de bactériologie du même hôpital.


Critères d'inclusion


Ont été inclus dans cette étude tous les patients admis dans le service d'urologie pour traitement de lithiase urinaire, que ça soit par voie endoscopique ou par chirurgie ouverte.


Le délai de survenue du sepsis est supérieur à 24heures après l'intervention.


Critères d'exclusion


Ont été exclus de notre étude :

les patients bénéficiant d'un traitement par voie endoscopique pour une autre pathologie (ex. : tumeur de vessie, sténose de l'urètre) ;
les patients refusant l'étude ;
les patients présentant des calculs vésicaux.


Protocole d'antibiothérapie préopératoire


La colonisation urinaire ou bactériurie asymptomatique est la mise en évidence d'un micro-organisme, lors d'un prélèvement urinaire correctement réalisé, sans que ce micro-organisme ne génère en soi de manifestations cliniques, qu'il existe ou non une leucocyturie associée [8].


Tous les patients ont reçu une antibioprophylaxie préopératoire (dose unique) en cas d'ECBU négatif par le céfalotine ou une antibiothérapie de couverture (une durée de 5jours dont 48heures en préopératoire adaptée à l'antibiogramme) en cas d'ECBU positif selon les recommandations de la SFAR 2008, réactualisées en 2010 et les recommandations européennes de l'EAU [9, 10, 11].


Critères de jugement


Nous nous sommes particulièrement intéressés à la survenue du sepsis urinaire : il est maintenant défini comme une dysfonction d'organe menaçant le pronostic vital et causé par une réponse inappropriée de l'hôte à une infection avec une fièvre≥38,5°.


L'augmentation du score SOFA (Sequential Organ Failure Assessment ) d'au moins 2 points liés à l'infection permet d'identifier un patient ayant un risque de mortalité par sepsis≥10 % :

pression artérielle systolique≤100mm Hg ;
fréquence respiratoire≥22/mn ;
trouble des fonctions supérieures (confusion, désorientation, GCS<15) [12].


Analyse statistique


Tous les patients ont donné leur consentement éclairé et libre.


Une méthodologie statistique rigoureuse a permis la collecte des données et des paramètres étudiés des différents dossiers cliniques grâce à des données qui ont été réalisées à partir d'une grille préétablie des données épidémiologiques, cliniques, paracliniques et bactériologiques.


L'analyse statistique était réalisée par le logiciel SPSS IBM statistics 20.


Les valeurs quantitatives sont exprimées en moyenne (±écart-type) ; les valeurs qualitatives sont exprimées en nombre (pourcentages). Les variables qualitatives étaient comparées par le test du Chi2 et le test de Fisher. Les résultats sont considérés statistiquement significatifs pour un p <0,05.


Résultats


Durant 6 mois d'étude, nous avons répertorié 29 patients traités pour un calcul de l'appareil urinaire. Le Tableau 1 résumait les principales caractéristiques cliniques, radiologiques et thérapeutiques de nos patients.


Les caractéristiques des patients


L'âge moyen de notre série était de 49 ans avec une prédominance du sexe masculin de 59 % contre 41 % du sexe féminin.


L'insuffisance rénale a été observée chez 10 % de nos patients, 3 patients soit 3,9 % étaient porteurs de matériel endo-urologique (sonde double J). L'extraction du calcul était réalisée en monobloc chez 20 patients (69 %) contre 9 (31 %) en fragments.


Les résultats bactériologiques pré- et postopératoires


Le taux de colonisation urinaire était de 27,6 % (8 sur 29) alors que le taux de calculs colonisés était de 31 % (9 sur 29). Le sepsis urinaire postopératoire est survenu chez 4 patients (14 %). La survenue du sepsis a été constatée chez 37,5 % (3 sur 8) des patients ayant une colonisation urinaire, par rapport à 44,4 % des patients ayant des calculs colonisés (4 sur 9). Parmi les agents pathogènes identifiés sur la culture des calculs, l'Escherichia coli et l'Enterococcus feacalis ont été identifiées comme les principaux agents pathogènes (33 % chacun), suivi par et le Pseudomonas aueroginosa (23 %) (Tableau 2).


Le traitement préopératoire ciblé a été administré chez 8 patients dont 3 patients ont reçu la ciprofloxacine à raison de 1g par jour, 3 patients ont reçu le triméthoprime-sulfaméthoxazole 800mg/160mg à raison de 2 comprimés par jour, 1 patient a reçu l'értapénème 1g par jour et le dernier a reçu le céftazidime 2g toutes les 8heures.


La nature chimique des calculs colonisés était principalement constituée d'oxalate de calcium (monohydraté, dihydraté) p =0,02 (Tableau 3).


La corrélation bactériologique ECBU préopératoire/calcul


Huit patients soit 28 % avaient une concordance entre les deux cultures. Il existait une corrélation statistiquement significative entre l'examen préopératoire d'urine et la culture bactériologique de calculs (p =<0,0001), respectivement (Tableau 4).


En comparant les résultats bactériologiques observés lors du sepsis, les germes isolés dans les urines postopératoires sont les mêmes retrouvés dans la culture des calculs. Tous les patients qui ont présenté un sepsis urinaire ont reçu la rocéphine initialement adaptée ensuite à l'antibiogramme (Tableau 5).


Le Tableau 6 montrait les différentes chirurgies responsables du sepsis urinaire postopératoire, dont la chirurgie percutanée qui était la plus pourvoyeuse du sepsis (75 %).


Il existait une corrélation statistiquement significative entre l'examen urinaire préopératoire, la culture bactériologique de calculs, et le sepsis urinaire postopératoire (p =0,05, p =0,005) respectivement (Tableau 7).


Les complications postopératoires


Les complications postopératoires de notre série étaient répertoriées selon la classification de Clavien-Dindo dans le Tableau 8 ; on a eu une fistule colique dirigée après une chirurgie percutanée qui s'est tarie spontanément. Toutes ces complications étaient survenues au cours de la même hospitalisation.


Discussion


Malgré l'antibiothérapie moderne et le progrès technologique dans le traitement des calculs urinaires, la présence d'infection postopératoire reste une cause importante de la morbidité et la mortalité. Peu d'études qui ont traité la corrélation bactériologique entre la culture des urines préopératoires et des calculs urinaires et leur impact sur le risque infectieux postopératoire [13].


Dans notre série, la survenue d'un sepsis urinaire a été constatée chez 14 % des patients ayant des calculs colonisés alors que seulement 10 % des patients avaient un ECBU préopératoire positif ce qui concordait avec les données de la littérature. Il est probable que ce résultat ait un impact positif sur la prise en charge précoce du sepsis postopératoire en guettant sa survenue et en adaptant rapidement l'antibiothérapie.


Notre travail montre l'intérêt de la culture bactériologique des calculs qui s'explique par trois raisons :

l'analyse du calcul sera la plus rapide à fournir un renseignement bactériologique par rapport aux prélèvements réalisés au moment du sepsis qui survient dans l'étude à j2 ;
tous les patients qui ont développé un sepsis postopératoire avaient des calculs colonisés ;
la décharge bactérienne après manipulation des calculs puisque les germes retrouvés dans la culture des calculs sont les mêmes que dans les urines postopératoires.


Le délai de survenue du sepsis urinaire dans notre étude était à 48heures après l'intervention, à différencier du SIRS qui survenait à 24heures, le fait qu'il s'agisse de gros calculs.


Par conséquent, certains auteurs se sont intéressés à la mise en culture de l'urine pyélique et de calculs rénaux qui pourraient être le seul moyen d'identifier le germe causal et le traitement antimicrobien approprié [14].


Dans notre étude, la culture de l'urine préopératoire isolée avait une valeur prédictive négative du sepsis inférieure à celle de la culture des calculs (95,2 %, 100 %) respectivement comparable aux résultats de la série de Songra et al. Le risque de sepsis le plus faible était observé dans un groupe où les deux cultures sont négatives [15].


En outre, l'urine vésicale ne permet pas de prédire le risque de sepsis urinaire. La culture des calculs avait une haute valeur prédictive positive de 0,7 de ce risque dans l'étude de Mariappan et al. [16].


Il a été bien établi que la culture d'urine préopératoire ne permet pas de prédire avec certitude la présence du germe sur la culture des calculs. Cela souligne l'importance des cultures de calculs dans le choix d'un tel antibiotique, à la fois pour atténuer le sepsis et pour prévenir les récidives [17].


Il existait une association entre la présence de calculs urinaires et le développement d'infections urinaires. Bianca et al. ont rapporté que sur les 180 cas de culture urinaire et de calculs infectés, 70,55 % ont trouvé les mêmes micro-organismes tandis que 29,45 % ont montré des micro-organismes différents de ceux de la culture d'urine préopératoire [13].


Cependant, après une NLPC, il semble qu'un ECBU préopératoire négatif ne soit pas un bon prédicteur d'infection, car il ne reflète pas avec précision le statut microbiologique de la partie haute des voies urinaires. La culture des calculs et des urines pyéliques constituent le moyen le plus efficace d'identifier un germe causal pour ajuster le traitement antimicrobien [18].


He et al. ont rapporté que les calculs complexes, l'ECBU préopératoire positif et la présence des bactéries à Gram négatif étaient des facteurs de risque SIRS après NLPC [19].


Alezra et al. ont confirmé que même si l'antibiothérapie préopératoire était adaptée à l'antibiogramme, elle restait très souvent inefficace sur les structures inertes et colonisées comme les sondes JJ ou les calculs. En effet, 57 % des patients ayant bénéficié d'une antibiothérapie précédant l'URSS et contrôlés par un ECBU J-8 négatif avaient une bactériurie significative sur l'ECBU à J-1. Cette dernière observation pose le problème de la confiance à accorder à un ECBU préopératoire négatif chez un patient porteur d'une sonde JJ ou de calcul (potentiellement colonisée) et devant bénéficier d'un geste endoscopique [20].


Les patients avec un ECBU préopératoire positif, malgré une antibiothérapie préopératoire appropriée, étaient 4,88 fois plus susceptibles de développer un sepsis urinaire postopératoire que les patients avec un ECBU préopératoire négatif [21].


Les limites de cette étude ont été principalement le nombre réduit des patients et l'absence de l'utilisation de l'urétéroscopie souple par défaut technique sont des limites importantes à souligner. Ces résultats méritent bien d'être bien approfondis dans des études prospectives multicentriques avec un plus grand échantillon.


Conclusion


L'infection urinaire est la complication la plus fréquente après une chirurgie de lithiase urinaire. Notre étude a mis en évidence une forte association entre la culture bactériologique des calculs et le sepsis urinaire postopératoire supérieure à celle de la culture urinaire préopératoire.


Elle permet d'anticiper la survenue du sepsis chez des patients nécessitant de nombreux traitements endoscopiques et aussi de démarrer une antibiothérapie précoce adaptée afin de limiter les complications infectieuses redoutables.


Cependant, plusieurs séries prospectives multicentriques peuvent s'avérer nécessaires pour valider ces résultats.


Déclaration de liens d'intérêts


Les auteurs déclarent ne pas avoir de liens d'intérêts.




Tableau 1 - Les caractéristiques des patients de notre série.
  Population étudiée (n =29) 
Sexe n (%)   
Masculin  17 (59) 
Féminin  12 (41) 
Âge (ans)  49±12 
Diabète n (%)   
Oui  5 (17) 
Non  24 (83) 
Insuffisance rénale n (%)   
Oui  3 (10) 
Non  26 (90) 
Taille du calcul (mm)  29±19 
Aspect radiologique du calcul n (%)   
Radio-opaque  26 (90) 
Radiotransparent  3 (10) 
Nombre du calcul n (%)   
26 (90) 
3 (10) 
Hydronéphrose n (%)   
Oui  21 (72) 
Non  8 (28) 
Localisation n (%)   
Urétérale  12 (41) 
Pyélique  17 (59) 
Traitement antibiotique préopératoire n (%)   
Oui  8 (28) 
Non  21 (72) 
Traitement n (%)   
NLPC  9 (31) 
Pyélotomie laparoscopique  3 (10) 
ouverte  6 (21) 
Urétérotomie laparoscopique  9 (31) 
Urétérotomie ouverte  2 (7) 
Extraction du calcul n (%)   
En bloc  20 (69) 
En fragments  9 (31) 
Nature chimique du calcul n (%)   
Whewellite  10 (34) 
Weddellite  6 (21) 
Acide urique  4 (14) 
Struvite  5 (17) 
Carbapatite  2 (7) 
Urates  2 (7) 





Tableau 2 - Les différents germes retrouvés dans la culture urinaire et des calculs.
Micro-organismes  ECBU préopératoire
n (%)
n =
Calculs colonisés
n (%)
n =
Escherichia coli   2 (25)  3 (33) 
Enterococcus feacalis   3 (37,5)  3 (33) 
Pseudomonas aueroginosa   2 (25)  2 (23) 
Enterobacter cloacae   1 (12,5)  0 (0) 
Staphylococcus aureus   0 (0)  1 (11) 





Tableau 3 - Lien entre la nature chimique et morphologique des calculs et sa culture bactériologique.
Nature morphologique des calculs  Nature chimique des calculs  Calculs stériles
n =20 
Calculs colonisés
n =
Valeur de p  
Ib  Whewellite  0,11 
IIb  Weddellite+Whewellite  0,02 
IIIb  Acide urique anhydre+acide urique dihydraté  0,20 
IVc  Struvite+carbapatite  0,15 
IIId  Urate d'ammonium  0,53 
IVa1  Carbapatite  0,46 





Tableau 4 - Corrélation bactériologique entre l'ECBU préopératoire et la culture des calculs.
  Calculs stériles
n (%) 
Calculs colonisés
n (%) 
Total  Valeur de p  
Culture urinaire positive  0 (0)  8 (28)  8 (28)  <0,0001 
Culture urinaire négative  20 (69)  1 (3)  21 (72)   
Total  20 (69)  9 (31)  29 (100)   





Tableau 5 - Les germes isolés dans les différents prélèvements bactériologiques et les antibiotiques prescrits en préopératoire et au moment du sepsis.
ECBU préopératoire  Culture des calculs  Antibiotique préopératoire  ECBU postopératoire  Antibiotique postopératoire 
Pseudomonas aueroginosa   Proteus mirabilis   Ciprofloxacine  Proteus mirabilis   Céfixime 
E. coli   E. coli   Triméthoprime-sulfaméthoxazole  E. coli   Amoxicilline+acide clavulanique 
E. coli   E. coli   Triméthoprime-sulfaméthoxazole  E. coli   Ciprofloxacine 
Enterococcus faecalis   Staphylococcus aureus   Ciprofloxacine  Staphylococcus aureus   Triméthoprime-sulfaméthoxazole 





Tableau 6 - Type de chirurgie responsable du sepsis urinaire postopératoire.
Type de chirurgie  Sepsis urinaire n (%) 
NLPC  3 (75) 
Urétérotomie laparoscopique  1 (25) 





Tableau 7 - Sensibilité, spécificité, valeur prédictive positive et négative de la culture des urines et des calculs pour prédire le sepsis postopératoire.
  Culture urinaire négative n (%)  Culture urinaire positive n (%)  Calculs stériles n (%)  Calculs colonisés n (%) 
Sepsis urinaire         
Oui  1 (3)  3 (10)  0 (0)  4 (14) 
Non  20 (69)  5 (17)  20 (69)  5 (17) 
Sensibilité (%)    75    100 
Spécificité (%)    80    80 
Valeur prédictive positive (%)    37,5    44,4 
Valeur prédictive négative (%)    95,2    100 
Valeur de p     0,05    0,005 





Tableau 8 - Les principales complications postopératoires de notre série.
Stade de complicationsa  Type de complications  Nombre de patients n (%)  Date postopératoire  Traitement 
Infection de la paroi  1 (12,5)  j3  Soins cutanés 
Sepsis urinaire  4 (14)  j2  Antibiothérapie IV 
Fistule entéro-cutanée (colique)  1 (12,5)  j4  Antibiothérapie IV 



[a] 
Complications selon Clavien-Dindo.


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