Plusieurs comités et groupes de travail ont été formés pour répondre aux 3 missions de l'AFU :
- Science et recherche
- Enseignement et formation
- Pratiques professionnelles
Science et recherche
- Conseil scientifique
- Comités scientifiques
- Comité d'andrologie et de médecine sexuelle
- Comité de cancérologie
- Comité d'infectiologie
- Comité lithiase
- Comité de neuro-urologie
- Comité de transplantation et d'insuffisance rénale chronique
- Comité des troubles mictionnels de l'homme
- Comité d'urologie de l'enfant et de l'adolescent
- Comité d'urologie et de périnéologie de la femme
Enseignement et formation
Pratiques professionnelles
- Comité d'éthique et de déontologie
- Comité des pratiques professionnelles
- Conseil national professionnel d'urologie