Profil actuel de résistance aux antibiotiques des souches d’ Escherichia coli uropathogènes et conséquences thérapeutiques

25 décembre 2014

Auteurs : M.C. El bouamri, L. Arsalane, Y. Kamouni, H. Yahyaoui, N. Bennouar, M. Berraha, S. Zouhair
Référence : Prog Urol, 2014, 16, 24, 1058-1062
Introduction

Les infections urinaires (IU) sont un motif très fréquent de consultation et de prescription médicale en pratique courante. L’usage excessif et/ou inapproprié des antibiotiques dans le traitement des infections urinaires est à l’origine de l’émergence et de la dissémination des bactéries uropathogènes multirésistantes.

But

Évaluer la fréquence d’isolement et la résistance aux antibiotiques des souches d’Escherichia coli uropathogènes isolées au niveau de la région de Marrakech.

Matériel et méthodes

Nous avons mené une étude rétrospective sur une durée de trois années (du 1er janvier 2010 au 31 décembre 2012). Elle a concerné l’ensemble des souches non redondantes d’E. coli uropathogènes isolées au laboratoire de microbiologie de l’hôpital Avicenne de Marrakech, Maroc. Les échantillons urinaires proviennent de patients hospitalisés et de patients en ambulatoire.

Résultats

Au cours de cette étude, 1472 entérobactéries uropathogènes ont été isolées dont 924 souches non répétitives d’E. coli , soit une fréquence d’isolement globale de 63 %. L’antibiorésistance des souches d’E. coli isolées a mis en évidence des taux de résistance à l’amoxicilline (65 %), au sulfaméthoxazole-triméthropime (55 %), à l’association amoxicilline-acide clavulanique (43 %), à la ciprofloxacine (22 %), à la gentamicine (14 %), aux nitrofuranes (11 %), à l’amikacine (8 %) et à la fosfomycine (7 %). Le nombre de souches d’E. coli résistantes aux céphalosporines de troisième génération « C3G » par production de β-lactamases à spectre élargi « BLSE » a été de 67, soit une fréquence moyenne de 4,5 % de l’ensemble des entérobactéries uropathogènes isolées. Les résistances associées aux antibiotiques dans le cas des E. coli productrices de BLSE étaient de 82 % pour la ciprofloxacine, 76 % pour le sulfaméthozole-triméthropime, 66 % pour la gentamicine et 56 % pour l’amikacine. Aucune résistance à l’imipénème n’a été enregistrée pour les souches d’E. coli isolées, soit une sensibilité à l’imipénème de 100 %.

Conclusion

La résistance aux antibiotiques des souches d’E. coli uropathogènes limite considérablement les options thérapeutiques et constitue donc un réel problème de santé publique. L’actualisation régulière des statistiques de sensibilité aux antibiotiques des souches d’E. coli permet une meilleure adaptation de l’antibiothérapie probabiliste aux données épidémiologiques locales.

Niveau de preuve

5.




 




Introduction


Les infections urinaires (IU) sont un motif très fréquent de consultation et de prescription médicale en pratique courante [1]. L'usage intensif et souvent abusif des antibiotiques tels que les fluoroquinolones et des céphalosporines de troisième génération (C3G) dans le traitement des IU a été rapidement suivi par l'apparition de souches multirésistantes et a compromis dans de nombreux cas l'utilisation de ces molécules de choix dans le traitement de ce genre d'infections.


Les infections urinaires à Escherichia coli (E. coli ) constituent une priorité en matière de surveillance et d'étude de résistance aux antibiotiques étant donné leur fréquence élevée et leur gravité. L'objectif de ce travail est d'évaluer la fréquence d'isolement et la sensibilité aux antibiotiques des souches d'E. coli uropathogènes isolées au laboratoire de microbiologie de l'hôpital Avicenne de Marrakech. Ceci permet de proposer de nouvelles mesures adaptatives pour une meilleure optimisation du traitement empirique des infections urinaires à E. coli dans notre région.


Matériel et méthodes


Nous avons mené une étude rétrospective sur une durée de trois années (du 1er janvier 2010 au 31 décembre 2012). Elle a porté sur 924 patients présentant une IU confirmée à E. coli dans le laboratoire de microbiologie de l'hôpital Avicenne de Marrakech qui comporte toutes les spécialités et les consultations correspondantes en dehors de la pédiatrie. Les échantillons urinaires proviennent de patients hospitalisés et de patients consultants en ambulatoire adressés au laboratoire par les consultations au niveau de la même institution hospitalière et des structures communautaires rattachées à l'hôpital. Toute souche bactérienne d'E. coli isolée plus d'une fois chez un même patient et ayant le même profil à l'antibiogramme n'a été prise en compte qu'une fois.


Les examens cytobactériologiques des urines (ECBU) ont été fréquemment prescrits, par les cliniciens, chez les patients présentant :

un échec d'antibiothérapie probabiliste préalable ;
une IU récidivante ;
une pathologie sous-jacente ;
une infection grave ;
des brûlures et douleurs à la miction ;
une pollakiurie.


Les résultats des ECBU validés par le biologiste sont ensuite communiqués au clinicien à qui revient la décision de prescrire ou non une antibiothérapie selon les conditions de réalisation du prélèvement (par exemple : tenir compte des risques de souillure de l'échantillon urinaire et de la colonisation), l'état clinique du patient (par exemple : IU symptomatique ou asymptomatique avec ou sans fièvre) et l'existence ou non d'une antibiothérapie préalable.


Ont été retenus pour cette étude les prélèvements urinaires répondant à une bactériurie significative supérieure ou égale à 105UFC/mL (au-delà de 2 types de colonies différentes, l'analyse n'est pas poursuivie sauf en situation particulière et en concertation avec le clinicien) en présence d'une leucocyturie supérieure ou égale à 104 éléments/mL. Les seuils de bactériurie de 103UFC/mL pour les cystites à E. coli ont aussi été retenus.


L'identification des bactéries isolées a été basée sur l'étude de leurs caractères morphologiques, culturaux et biochimiques par méthode automatisée sur Microscan (Dade Behring®, Sacramento, États-Unis). Les critères de lecture et d'interprétation sont ceux du comité de la société française de microbiologie (CA-SFM) [2].


La production de β-lactamases à spectre élargi (BLSE), détectée par l'automate, a été confirmée par la méthode de diffusion impliquant le test de synergie entre l'association amoxicilline+acide clavulanique « AMC » et une céphalosporine de troisième ou quatrième génération et/ou l'aztréonam. Cette synergie est caractérisée par une image en « bouchon de champagne » et signe la présence d'une BLSE (Figure 1).


Figure 1
Figure 1. 

Test de synergie positif (aspect en bouchon de champagne). FEP : céfépime ; AMC : amoxicilline+acide clavulanique ; ATM : aztréonam, CTX : céfotaxime.





Résultats


Au cours de cette étude, 1472 entérobactéries uropathogènes ont été isolées dont 924 souches non répétitives d'E. coli , soit une fréquence d'isolement globale de 63 %. Les souches d'E. coli uropathogènes ont été isolées essentiellement (86 %) chez des patients consultants en ambulatoire (dispensaires, consultations externes et urgences).


L'antibiorésistance des souches d'E. coli non productrices de BLSE isolées a mis en évidence des taux moyens de résistance à l'amoxicilline (65 %), au triméthropime-sulfaméthoxazole « TMP-SMX » (55 %), à l'AMC (43 %), à la ciprofloxacine (22 %), à la gentamicine (14 %), aux nitrofuranes (11 %), à l'amikacine (8 %), à la fosfomycine (7 %) et à l'imipénème (0 %) (Figure 2).


Figure 2
Figure 2. 

Les taux moyens de résistance des souches d'E. coli non productrices de BLSE isolées aux différents antibiotiques testés.




Les fréquences d'isolement des souches d'E. coli productrices de BLSE est passé de 3 % en 2010 à 6 % en 2012, soit une fréquence moyenne de 4,5 % (67/1472) par rapport à l'ensemble des souches d'entérobactéries uropathogènes (Tableau 1).


Les résistances aux antibiotiques usuels dans le cas des E. coli productrices de BLSE étaient de 82 % pour la ciprofloxacine, 76 % pour le TMP-SMX, 66 % pour la gentamicine, 56 % pour l'amikacine et 0 % pour l'imipénème (Tableau 2).


Discussion


Le profil épidémiologique des bactéries uropathogènes varie d'une région à l'autre. De ce fait, la connaissance de l'épidémiologie locale ainsi que son évolution reste indispensable pour le choix d'une antibiothérapie de première intention efficace et adaptée pour chaque région. Les résultats de notre étude ont mis en évidence une forte implication des souches d'E. coli (63 %) dans les IU à entérobactéries. Ceci est clairement justifié par la domination d'E. coli du profil général des bactéries responsables d'IU [3].


L'étude de l'antibiorésistance des souches d'E. coli uropathogènes hospitalières et communautaires a mis en évidence des taux de résistance variables aux antibiotiques testés, notamment aux principales molécules utilisées dans le traitement des IU.


Il a été enregistré au niveau de notre hôpital un taux élevé de la résistance aux aminopénicillines (amoxicilline et ampicilline) de 65 %. À l'échelle nationale, un taux similaires de résistance à l'amoxicilline 61,2 % a été rapporté à El jadida (Maroc) [4]. Des taux de résistance à l'amoxicilline encore plus élevés, allant jusqu'à 75 %, ont été rapportés par d'autres études [5, 6]. Ces taux élevés de résistance des E. coli uropathogènes à l'amoxicilline justifient que les aminopénicillines ne soient plus actuellement recommandées en traitement probabiliste des IU [7].


L'acquisition de la résistance à l'AMC, antibiotique à très forte prescription au Maroc, est un phénomène mondial rapporté à des taux très variables [8]. Dans notre étude, la résistance à l'amoxicilline-clavulanate a été de 43 % contre un taux de résistance de 13,7 % au niveau de la ville d'El jadida [4]. Au niveau de la ville de Rabat, la résistance à l'association amoxicilline-acide clavulanique a été de 60 % chez les patients hospitalisés et de 50 % chez les patients consultants [9].


Les fluoroquinolones occupent une place privilégiée parmi les molécules prescrites dans le traitement des infections du tractus urinaire et notamment dans le traitement probabiliste de la cystite aiguë non compliquée de la femme [10]. Comme tout autre antibiotique, la relation entre augmentation de la consommation des fluoroquinolones et l'augmentation de la résistance bactérienne à ces molécules n'est plus à démontrer [10]. Le taux de résistance d'E. coli à la ciprofloxacine a été de 22 % dans notre hôpital, de 20 % à El jadida [4] et 27 % à Rabat [9]. La situation épidémiologique mondiale de la résistance des souches d'E. coli aux fluoroquinolones reste variable avec des taux de résistance de 10 % aux États-Unis [11] et 50 % en Chine [12].


Les taux élevés de résistance d'E. coli uropathogènes au TMP-SMX rapportés dans notre étude (55 %) et à El jadida (33,7 %) [4] confirment l'élimination de cet antibiotique dans le traitement de première intention de l'IU non compliquée.


E. coli est naturellement sensible à l'ensemble des β-lactamines. Le mécanisme essentiel de la résistance acquise aux β-lactamines est de nature enzymatique par production des β-lactamases. L'implication des entérobactéries productrices de β-lactamases à spectre élargi (E-BLSE) dans les IU tant communautaires que nosocomiales constitue un réel problème de santé publique [13]. Au niveau de la région de Marrakech, la production de BLSE par les souches d'E. coli uropathogènes est passée de 2 % en 2008 à 6 % en 2012 [14]. Ces taux élevés de la production des BLSE par les souches d'E. coli uropathogènes confirme aussi bien la forte sécrétion des BLSE par les souches d'E. coli que la large diffusion de ce phénomène de résistance aussi bien en milieu communautaire qu'en milieu hospitalier [14, 15, 16].


L'antibiorésistance des souches d'E. coli productrices de BLSE a mis en évidence des taux de résistance plus élevés à un grand nombre d'antibiotiques en comparaison aux souches d'E. coli non productrices de BLSE (Tableau 2). Ceci peut être expliqué par le fait que les gènes des BLSE, portés généralement par des plasmides, sont souvent associés à des gènes de résistance aux antibiotiques, notamment aux aminosides et aux fluoroquinolones [17, 18].


Aucune résistance à l'imipénème n'a été mise en évidence pour les souches d'E. coli identifiées, soit une sensibilité à l'imipénème de 100 %. Cependant, l'utilisation rationnelle de cette molécule est obligatoire afin d'éviter l'émergence de souches d'E. coli productrices de carbapénèmases.


Conclusion


L'émergence et la dissémination des bactéries uropathogènes multirésistantes constituent un véritable problème de santé publique et un véritable défi pour les biologistes, les cliniciens, les hygiénistes et les autorités sanitaires. L'adoption d'une politique pour le bon usage des antibiotiques, actualisée par des programmes réguliers de surveillance de la sensibilité des bactéries aux antibiotiques, reste parmi les outils clés pour la diminution de l'ampleur du phénomène de la résistance bactérienne aux antibiotiques.


Déclaration d'intérêts


Les auteurs déclarent ne pas avoir de conflits d'intérêts en relation avec cet article.




Tableau 1 - Évolution des E. coli -BLSE selon les années.
Année  2010  2011  2012 
Fréquence d'isolement (X %) 





Tableau 2 - La résistance aux antibiotiques usuels des souches d'E. coli productrices ou non de BLSE.
Antibiotique testé  E. coli non BLSE
(n =857) (%) 
E. coli BLSE
(n =67) (%) 
Ciprofloxacine  22  82 
TMP-SMX  55  76 
Gentamicine  14  66 
Amikacine  56 
Imipénème 




Références



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