Étude de l’impact clinique des variations de copies de gènes identifiées pour un panel de gènes d’intérêt par droplet digital PCR chez des patients traités par thérapie ciblée pour un cancer du rein métastatique

25 novembre 2019

Auteurs : A. Chebbi, S. Sarafon-Vasseur, L. Beaussire, F. Blanchard, F. Gobet, J.-C. Sabourin, C. Pfister, F. Di Fiore, F.-X. Nouhaud
Référence : Prog Urol, 2019, 13, 29, 643-644
Objectifs

L’intérêt clinique des variations de copies de gènes (CNVs) présentes dans le tissu tumoral primitif (TP) du cancer rénal métastatique (CRM) reste à déterminer. De même les différences de CNV retrouvées entre le tissu TP et le tissu métastatique ont été peu explorées. Les objectifs de cette étude étaient d’évaluer l’impact clinique des CNVs présentes dans le TP, et de comparer les CNV identifiées dans le TP à celles retrouvées dans le TM chez les mêmes patients.

Méthodes

Une étude rétrospective monocentrique a inclus tous les patients traités par thérapie ciblée (TC) pour un CRM entre 2007 et 2018. L’analyse génétique était réalisée sur des TP et TM inclus en paraffine issus de CRM à cellules claires, via Droplet Digital™PCR (ddPCR) sur un panel de 6 gènes d’intérêt sélectionnés selon les données de la littérature. Les données cliniques, biologiques, histologiques et les survies globales (SG) et sans progression (SSP) ont été évaluées en fonction des CNVs identifiées dans le TP. Les CNV identifiées dans le TM ont été comparées à celles identifiées dans le TP.

Résultats

Soixante-treize patients ont été inclus. L’âge médian était de 62 ans pour un suivi médian de 29 mois à partir de la première ligne de TC. Le taux de CNVs au sein du TP était de 29 % dont 61 % de délétions. Les amplifications de MET étaient plus fréquemment associées à des tumeurs de haut grade (82 % contre 52 % ; p =0,04) et à un envahissement ganglionnaire (36 % contre 4 % ; p =0,001). Les amplifications de 2p12 étaient associées à un stade tumoral supérieur (70 % contre 40 % ; p =0,02) et à un envahissement ganglionnaire plus fréquent (30 % contre 7 % ; p =0,02). Les délétions d’ALDOB étaient associées à une moins bonne SSP (3 contre 9 mois ; p =0,04). Enfin, les taux de CNVs étaient respectivement de 22 et 28 % dans le TP et le TM, dont 59 % et 60 % de délétions (Fig. 1, Fig. 2, Fig. 3).

Conclusion

Ces résultats au sein d’une cohorte homogène de CRM ont montré une potentielle association entre certaines CNVs et des facteurs pronostiques clinicobiologiques ainsi que la SSP, particulièrement MET, 2p12 et ALDOB. On note aussi une tendance à l’augmentation de la fréquence des CNVs au sein du TM.




 




Fig. 1
Fig. 1. 

Comparaison des survies sans progression entre perte (vert) et absence de perte du gène ALDOB (bleu).




Fig. 2
Fig. 2. 

Différentes CNVs (amplifications et délétions) retrouvées pour les 6 gènes sélectionnés en utilisant la méthode de ddPCR.




Fig. 3
Fig. 3. 

Comparaison des CNVs pour chacun des 6 gènes et régions cibles en fonction du type de tissu analysé. TP : tumeur primitive ; TM : tissu métastatique ; CNVs : variations de nombre de copies.





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