Analyse microbiologique de plus de 600 infections urinaires fébriles prises en charge dans un réseau de soin

25 septembre 2013

Auteurs : F. Bruyère, M. Vidoni, Y. Péan, J.A. Ruimy, R. Elfassi
Référence : Prog Urol, 2013, 10, 23, 890-898

Peu d’études se sont intéressées aux infections urinaires fébriles en ville. L’objectif de notre étude était d’analyser la distribution des bactéries responsables et la sensibilité de Escherichia coli aux antibiotiques.

Patients et méthode

Nous avons utilisé la base de données de SPHERES, réseau parisien de médecins généralistes dont la fonction est de sécuriser et faciliter la prise en charge ambulatoire de pathologies aiguës potentiellement graves. Chaque patient est inclus dans le réseau selon des critères cliniques précis et fait l’objet d’un recueil standardisé des données médicales. Nous avons étudié rétrospectivement les dossiers de tous les patients pris en charge entre avril 2005 et octobre 2008 pour une pyélonéphrite ou une prostatite aiguë.

Résultats

Au total 568 patients ont été inclus : 410 femmes et 158 hommes. La distribution globale des bactéries était proche de celle observée dans les études strictement microbiologiques avec une prédominance plus marquée de E. coli (87,5 %) au détriment des autres espèces. La sensibilité globale de E. coli aux antibiotiques recommandés en traitement probabiliste des pyélonéphrites et des prostatites était conservée : ciprofloxacine (95,8 %), cefotaxime (98 %), gentamicine (99,4 %). Chez les femmes de plus de 65ans la sensibilité de E. coli aux fluoroquinolones systémiques chutait à 89,7 %, posant pour ces patientes la question de leur utilisation en première intention.

Conclusions

Nous rapportons l’épidémiologie bactérienne ainsi que les profils de résistance des germes impliqués dans les infections urinaires fébriles prises en charge dans un réseau de soin. Il semble que la résistance du colibacille ait augmenté plus chez la femme âgée de plus de 65ans que chez l’homme.




 




Introduction


Les infections urinaires de l'adulte sont un motif très fréquent de consultation et de prescription médicale en pratique de ville. En 2008 l'Afssaps a publié de nouvelles recommandations sur leur prise en charge [1]. Elle a réaffirmé la possibilité de traiter en ambulatoire les pyélonéphrites et les prostatites aiguës, infections bactériennes potentiellement sévères, sous réserve de respecter certains critères de sécurité. Paradoxalement peu d'études sur ces pathologies ont été réalisées dans le cadre strict de la ville et à notre connaissance il n'y a pas de série française sur les infections urinaires fébriles (IUF) communautaires. L'écologie bactérienne des IUF communautaires est la première des inconnues. À ce jour les données bactériologiques françaises proviennent uniquement d'organismes de surveillance et d'études descriptives qui ont colligé les résultats d'examens cytobactériologiques des urines (ECBU) de laboratoires de ville, le plus souvent indépendamment du tableau clinique initial et notamment de l'existence d'un syndrome fébrile. Cette surveillance en laboratoire de la répartition des espèces bactériennes et de leurs taux de résistance est essentielle dans un contexte de multiplication des résistances bactériennes liées à la pression de sélection exercée par les antibiotiques. Elle est cependant insuffisante : pour que ces données puissent réellement aider à l'élaboration de recommandations thérapeutiques permettant un usage rationnel des anti-infectieux leur stratification en fonction des situations cliniques rencontrées en pratique courante est nécessaire. Il s'agit d'ailleurs de l'un des principaux axes du dernier Plan national pour préserver l'efficacité des antibiotiques lancé par le ministère de la Santé.


C'est dans ce contexte que nous avons choisi d'étudier le registre du réseau de ville SPHERES. Créé en 2004, sa mission est de sécuriser et d'optimiser la prise en charge ambulatoire de pathologies fréquemment adressées à l'hôpital et dont font partie les pyélonéphrites et les prostatites aiguës. L'objectif premier de notre étude était de recueillir des données épidémiologiques et microbiologiques concernant les infections urinaires fébriles communautaires puis de les analyser à la lumière des connaissances actuelles. L'objectif secondaire était de rapporter les résultats des bandelettes urinaires et de l'imagerie afin d'enrichir la discussion sur leur intérêt dans les IUF communautaires.


Patients et méthode


L'étude a consisté en l'analyse de tous les dossiers des patients pris en charge par le réseau SPHERES entre avril 2005 et octobre 2008.


Le réseau SPHERES a été crée en 2005 par deux urgentistes libéraux parisiens (RE, JAR) avec pour fonction de sécuriser et de faciliter la prise en charge ambulatoire de pathologies aiguës à évolution potentiellement compliquée et nécessitant des moyens diagnostiques et thérapeutiques parfois difficiles à mettre en Å“uvre dans le contexte de la ville. L'objectif était de reproduire en ville les conditions optimales de l'exercice médical hospitalier en utilisant et en organisant les ressources sanitaires existantes. Son rayon d'action englobe Paris et la petite couronne. Trois pathologies sont actuellement prises en charge par le réseau : la thrombose veineuse profonde des membres inférieurs, la pneumonie aiguë communautaire et l'infection urinaire fébrile.


Pour ce faire il met à disposition des praticiens qui adhèrent au réseau : un référentiel scientifique qui détermine les différentes étapes de la prise en charge depuis la suspicion clinique jusqu'à la thérapeutique. Il a été validé par un comité d'experts multidisciplinaire de haut niveau sur la base des recommandations scientifiques internationales ; une cellule de coordination médicale accessible par téléphone, internet, fax ou courrier sept jours sur sept de huit heures à 20heures ; un système informatique sécurisé centralisant l'information médicale et accessible à distance par internet. Il permet aux différents acteurs de connaître l'état d'avancement de la prise en charge du patient ainsi que les résultats des examens complémentaires.


En contrepartie du service rendu aux médecins adhérents du réseau une charte de bonne pratique est signée et un recueil standardisé des données médicales est effectué et enregistré dans une base de données informatique. Le médecin bénéficie par ailleurs d'une indemnité par patient inclus.


Le financement du réseau provient pour sa plus grande partie du Fond d'Aide la Qualité des Soins de Ville (FAQSV) sous la tutelle de l'Assurance Maladie et désormais remplacé par le Fond d'Intervention pour la Qualité et la Coordination des Soins (FIQCS). Un audit réalisé par l'Union Régionale des Caisses d'Assurance Maladie d'Île-de-France (URCAMIF) fin 2006 et une évaluation externe en juin 2007 a montré que le réseau répondait aux exigences de qualité des soins et d'organisation telles que définies par l'Union Régionale des Caisses d'Assurance Maladie (URCAM) et par la loi de santé publique de 2004. L'architecture du système informatique a été soumise à l'approbation de la Commission Nationale de l'Informatique et des Libertés (CNIL). Chaque patient est inclus avec son consentement éclairé.


En cas de suspicion de pyélonéphrite ou de prostatite ambulatoire tout praticien peut choisir de recourir au réseau SPHERES et suivre l'algorithme de prise en charge. Chaque sujet est inclus selon les critères cliniques et biologiques mentionnés sur le référentiel scientifique correspondant établi par le comité d'experts. L'existence d'une température supérieure ou égale à 38° est une condition préalable indispensable à l'inclusion du patient. Elle doit être associée à au moins un des signes suivants : douleur ou pesanteur unilatérale du flanc ou d'une fosse lombaire, sensibilité d'une fosse lombaire au palper, pesanteur ou douleur pelvienne, signes fonctionnels urinaires (dysurie, pollakiurie, brûlures mictionnelles), bandelette urinaire positive (présence de leucocytes±nitrites).


Un seul facteur de risque d'infection urinaire compliquée ou signe de gravité implique l'exclusion du patient et doit inciter le praticien à l'adresser à l'hôpital. Néanmoins en cas d'impression clinique globalement favorable et après accord de la cellule de coordination il reste possible de maintenir certains malades dits « hors protocole » dans le cadre du réseau.


Le praticien demande ensuite un bilan biologique comprenant au minimum une créatinémie avec calcul de la clairance, un dosage des β-HCG plasmatiques chez les sujets féminins et un ECBU. Ce dernier est considéré positif si la leucocyturie est supérieure ou égale à 10 000éléments/mL et si la bactériurie est supérieure ou égale à 10 000germes/mL. Si négatif le diagnostic d'infection urinaire doit être reconsidéré ce qui implique théoriquement l'exclusion du sujet. Cependant, en cas de présentation clinique typique ou de prise d'antibiotique antérieure au prélèvement urinaire le diagnostic d'IUF peut être maintenu. Le médecin est libre de recourir ou non au laboratoire proposé par le réseau SPHERES : il n'y a donc pas de laboratoire d'analyse médicale unique. Les méthodes d'ensemencement, d'identification et d'antibiogramme sont propres à chaque laboratoire impliqué.


Dès le prélèvement urinaire effectué, le médecin prescrit une thérapeutique anti-infectieuse en accord avec les recommandations du référentiel : fluoroquinolones en première intention, céphalosporine de troisième génération en deuxième intention. La durée de traitement retenue est de 14jours pour les pyélonéphrites et quatre semaines pour les prostatites.


Un cliché d'ASP ainsi qu'une échographie des voies urinaires doivent être réalisés dans un délai de 48heures. Il n'y a pas de cabinet radiologique unique.


Le médecin remplit également une fiche de liaison dans laquelle il collige le sexe, la date de naissance, les antécédents, le traitement habituel, les éléments cliniques et l'antibiothérapie prescrite. Elle est complétée au fur et à mesure par les résultats des examens complémentaires. La réévaluation systématique du patient à 72heures, par téléphone ou lors d'une seconde consultation, est rapportée ainsi que son devenir et les résultats de l'ECBU de contrôle. Toutes ces informations sont ensuite saisies dans la base de données informatique du réseau SPHERES.


Pour la réalisation de cette analyse chaque dossier d'IUF prise en charge par le réseau SPHERES entre avril 2005 et octobre 2008 a été examiné. Ont été exclus de l'analyse les dossiers pour lesquels la description clinique manquait et ne permettait pas de poser le diagnostic d'infection urinaire fébrile. Nous avons choisi d'étudier les variables suivantes :

sexe ;
âge : un âge supérieur à 65ans a été choisi pour définir la personne âgée. Bien qu'arbitraire cette limite est la plus courante dans la littérature médicale [1] ;
résultat de la bandelette urinaire : elle est considérée comme positive en cas de leucocyturie et/ou de nitriturie comme le recommande l'Afssaps [1] ;
résultat de l'ECBU : les antibiotiques pris en compte pour l'analyse ont été l'amoxicilline, l'association amoxicilline-acide clavulanique, la cefalotine, le cefixime, le cefotaxime, la ceftazidime, la gentamicine, le cotrimoxazole, la nitrofurantoine, l'acide nalidixique, la norfloxacine, l'ofloxacine, la ciprofloxacine et la fosfomycine. Pour chaque antibiotique testé, les bactéries ont été scindées en deux catégories : l'une regroupe les bactéries sensibles (S), l'autre les bactéries non sensibles c'est-à-dire intermédiaires ou résistantes (I+R). En cas de phénotype de résistance évocateur de bactérie productrice de BLSE (I ou R aux C3G) nous avons demandé au laboratoire impliqué le résultat du test de synergie recommandé par le Comité de l'Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie [2] ;
signes cliniques en cas d'ECBU négatif ou polymicrobien ;
résultat du cliché d'ASP ;
résultat de l'échographie des voies urinaires.


Les variables continues ont été comparées par un test t de Student. Les relations entre les différentes variables catégorielles ont été examinées par un test exact de Fisher bilatéral. Une valeur de p inférieure à 0,05 a été définie comme seuil de significativité statistique.


Résultats


Durant la période étudiée 602 patients ont été pris en charge par le réseau SPHERES. Nous avons exclu 34 patients pour lesquels le dossier médical était incomplet.


Les caractéristiques des malades sont décrites dans le Tableau 1.


Parmi les 568 dossiers retenus les femmes étaient les plus nombreuses avec un sex-ratio de 2,6. Elles étaient en moyenne plus jeunes que les hommes (48,7ans contre 59,4ans, p <0,0001). La proportion de patients de plus de 65ans était plus élevée chez les hommes que chez les femmes (39,2 % contre 25,8 %, p =0,002).


Sur les 568 dossiers étudiés, 531 ECBU étaient renseignés dont 381 femmes et 150 hommes (Tableau 2). Parmi ceux-ci 441 (83 %) étaient positifs, 38 (7,2 %) étaient polymicrobiens sans poursuite de l'identification et 52 (9,8 %) étaient rendus négatif.


Les bacilles à Gram négatif (BG−) représentaient au total 95,7 % des germes en cause. Escherichia coli était le premier agent responsable d'infection urinaire avec 87,5 % des isolats suivi de Proteus mirabilis (2,9 %) et Klebsiella spp (2,9 %) tandis que les autres espèces de BG− étaient beaucoup moins fréquemment isolées. Un patient présentait un ECBU positif à Salmonella Typhi (confirmé par Centre National de Référence des Salmonella ). Parmi les Cocci Gram positif (CG+), Streptococcus spp (1,4 %) arrivait en première position suivi de Enterococcus spp (1,1 %). Staphylococcus saprophyticus n'était isolé que dans 0,7 % des cas tout comme Staphylococcus aureus .


Parmi les 441 ECBU positifs, 314 (71,2 %) provenaient de femmes et 127 (28,8 %) d'hommes (Tableau 2). Dans ces deux groupes E. coli restait le premier germe isolé. Cependant sa fréquence était significativement plus élevée chez les femmes (89,8 % contre 81,9 % ; p =0,03) aux dépens des BG− non E. coli plus fréquemment isolés chez les hommes que chez les femmes (15,7 % contre 5,1 % ; p =0,0004). Cela est illustré par la proportion de P. Mirabilis et de Citrobacter spp plus élevée dans la population masculine. Concernant les CG+, bien que S. saprophyticus ait été exclusivement observé chez les femmes, aucune différence de répartition statistiquement significative n'a été observée.


Pour la population prise dans son ensemble ainsi que pour les femmes nous n'avons pas mis en évidence de différence statistiquement significative dans la répartition des espèces bactériennes entre les sujets âgés de 65ans ou moins et les autres. En revanche chez les hommes de plus de 65ans les bacilles à gram négatif représentaient 93,6 % des isolats contre 100 % pour les hommes plus jeunes (p =0,0486).


Chez les femmes les ECBU négatifs étaient au nombre de 33 (8,6 %) contre 19 (12,7 %) chez les hommes (différence non significative). Il n'y avait pas de différence d'âge entre le groupe ECBU positif et le groupe ECBU négatif aussi bien chez les femmes que chez les hommes.


L'ensemble des 33 patientes étaient fébriles et présentaient des signes fonctionnels urinaires et/ou une douleur lombaire unilatérale. Une leucocyturie significative à l'ECBU était décrite chez 16 d'entre elles. Pour les 17 autres patientes sans leucocyturie à l'ECBU la bandelette urinaire était positive dans 16 cas tandis que pour l'une d'entre elles la bandelette n'avait pas été faite (tableau clinique de cette patiente : fièvre+douleur lombaire unilatérale+signes fonctionnels urinaires). Une prise d'antibiotique antérieure à l'ECBU était mentionnée à quatre reprises sans qu'il soit possible de dire si cette information avait été systématiquement recherchée chez les autres patientes (pas d'item prise d'antibiotique dans le dossier d'inclusion).


Chez les 19 hommes à ECBU négatif, la fièvre était constamment présente au moment de l'inclusion. Parmi eux 16 présentaient des signes fonctionnels urinaires, deux autres des douleurs pelviennes et/ou une prostate douloureuse au toucher rectal et un seul patient ne se plaignait de rien. L'ECBU retrouvait une leucocyturie significative chez 12 patients. Chez sept les autres la BU était positive. Une prise d'antibiotique avait été mise en évidence à quatre reprises avec la même remarque que chez les femmes.


Chez les femmes 34 ECBU (8,9 %) ont été rendus polymicrobien sans poursuite de l'identification. La fièvre était constamment présente. Parmi elles 26 présentaient des signes fonctionnels urinaires (SFU) et/ou une douleur lombaire et une seule de ces 26 patientes n'avait pas de leucocyturie significative à l'ECBU avec néanmoins une BU positive. Les huit autres patientes sans SFU ni douleur lombaire avaient toutes une leucocyturie significative à l'ECBU et deux d'entre elles présentaient des signes de pyélonéphrite à l'échographie. Enfin, sur les 34 patientes, cinq ont affirmé avoir pris un antibiotique avant la réalisation du prélèvement urinaire.


Chez les hommes, quatre (2,7 %) ECBU étaient polymicrobiens. Dans tous les cas le tableau associait fièvre, SFU et leucocyturie significative. Aucune prise d'antibiotique n'était mentionnée.


Concernant la sensibilité du colibacille, les données étant parfois manquantes et, d'autre part, les antibiogrammes variant d'un laboratoire à un autre, le nombre de souches testées était variable d'un antibiotique à l'autre.


Les taux de sensibilité de E. coli aux différents antibiotiques dans la population globale sont présentés selon un ordre décroissant dans le Tableau 3. La gentamicine était l'anti-infectieux le plus fréquemment actif (99,4 % des souches sensibles) suivi de la fosfomycine (99 %) puis du cefotaxime et de la ceftazidime (98 % chacun). Le cefixime et les furanes présentaient une activité légèrement inférieure (97,5 % chacun). Concernant les fluoroquinolones le taux de sensibilité variait entre 94,7 et 95,8 % selon la molécule contrairement à l'acide nalidixique qui était moins actif (87,9 %). Les antibiotiques les moins efficaces étaient le cotrimoxazole (79,9 %), l'association amoxicilline+acide clavulanique (69 %) et l'amoxicilline (52,7 %).


Il n'existait pas de différence de sensibilité en fonction du sexe en dehors du cotrimoxazole et du cefalotine qui était plus fréquemment efficaces chez les hommes que chez les femmes (p =0,02).


En ce qui concerne l'influence de l'âge seuls la ciprofloxacine (97,3 % contre 92,2 %), la céfalotine (77,2 % contre 61,8 %) et l'association amoxicilline+acide clavulanique (72,3 % contre 60,8 %) étaient plus volontiers testés résistants chez les plus de 65ans.


Dans la population féminine la tendance générale à la baisse de sensibilité chez les plus de 65ans existait excepté pour la fosfomycine et les furanes. Les différences étaient significatives pour l'ensemble des fluoroquinolones (Δ entre 7,2 et 7,8 % selon la molécule) et l'association amoxicilline+acide clavulanique (69,3 % contre 58,8 %).


Dans la population masculine, contrairement aux résultats précédents, la baisse de sensibilité chez les sujets plus âgés était moins souvent observée. Ainsi les C3G, les fluoroquinolones, la fosfomycine et les furanes étaient plus efficaces chez les plus de 65ans bien que le seuil de significativité n'ait pas été atteint. Pour les autres molécules la sensibilité diminuait chez les hommes âgés et ce de façon significative pour la céfalotine (90,5 % contre 64,7 %) et l'amoxicilline (68,7 % contre 44,1 %).


Au total 44 souches (12,4 %) étaient testées intermédiaires ou résistantes à l'acide nalidixique. La sensibilité de ces souches était diminuée de façon significative vis-à-vis de l'ensemble des autres antibiotiques (Tableau 4). Seules les C3G, la gentamicine et la fosfomycine conservaient une activité supérieure à 90 %. Aucune des souches I ou R à l'acide nalidixique n'était à la fois résistante aux quinolones et aux C3G.


Parmi les 354 souches de E. coli recueillies testées pour les trois C3G (cefixime, cefotaxime, ceftadizime), neuf d'entre elles (2,5 %) présentaient un profil de résistance compatible avec une BLSE. Huit prélèvements étaient issus de femmes. L'âge moyen des neuf patients était de 55,8ans (médiane : 49 ; extrêmes 18-95). Aucun des laboratoires contactés n'a effectué le test de synergie pour détecter cette enzyme. La sensibilité de ces isolats aux autres classes d'antibiotiques, largement diminuée sauf vis-à-vis des fluoroquinolones et de la gentamicine.


Discussion


À partir des données du réseau SPHERES, cette étude a permis d'observer spécifiquement la microbiologie d'une série d'infections urinaires fébriles issue d'une population communautaire parisienne. Aucune étude comparable réalisée sur le territoire français n'a été publiée à ce jour. Elle s'est construite à partir de critères cliniques précis définissant la pyélonéphrite et la prostatite et vient compléter la surveillance de la résistance bactérienne par les études de laboratoires de ville qui ont colligé des résultats d'ECBU indépendamment de la symptomatologie initiale. Elle a également recueilli les résultats de la bandelette urinaire classiquement étudiée dans la cystite de la femme ainsi que ceux de l'imagerie des voies urinaires.


Lorsque l'on prend en considération les données globales mêlant hommes et femmes, l'épidémiologie bactérienne des pyélonéphrites et des prostatites apparaît logiquement proche de celle généralement décrite à partir des résultats des ECBU [3]. Nous rapportons la prédominance des BG− mais dans une proportion plus importante (95,7 %) que celle observée dans les autres études où ils représentent habituellement moins de 90 % des isolats. E. coli restait la première bactérie isolée indépendamment de l'âge et du sexe comme cela est classiquement décrit [4]. Les autres BG−, appartenant exclusivement au groupe des entérobactéries, étaient essentiellement représentés par P. mirabilis et Klebsiella pneumoniae . Après E. coli ces deux espèces étaient les plus couramment mises en évidence dans les études sur les IU communautaires [5]. Finalement, seules quelques bactéries étaient suspectes d'une origine hospitalière (Citrobacter spp, Enterobacter aerogenes , Morganella morganii ) et l'on notait l'absence de Pseudomonas aeruginosa . Ces observations plaident en faveur d'une origine majoritairement communautaire des infections urinaires fébriles de cette population. Néanmoins l'absence de renseignement sur une éventuelle hospitalisation récente ou sur le lieu de vie ne nous permet pas de discuter le caractère nosocomial de certaines IUF.


Si l'on s'intéresse uniquement aux pyélonéphrites, la fréquence d'isolement de E. coli (89,8 %) était supérieure à celle habituellement observée dans les études effectuées à partir d'ECBU où elle dépasse rarement 80 % [3, 4, 5]. Ce résultat est comparable à ceux des rares travaux ayant spécifiquement étudié les pyélonéphrites communautaires et qui isolaient E. coli dans 85 à 94 % des cas [6]. Cela peut s'expliquer en partie par l'existence de facteurs produits par les E. coli uropathogènes et qui favorisent leur adhésion aux cellules du tractus urinaire. Parmi ces facteurs de pathogénicité, les adhésines de type fimbriæ P sont présentes chez 80 % des E. coli responsables de pyélonéphrites [7]. La place de K. pneumoniae et P. mirabilis en deuxième et troisième position est similaire aux autres publications [8]. Par ailleurs S. saprophyticus , fréquemment isolé dans la cystite de la femme jeune [1, 6], n'était ici présent que dans 1,3 %. Ce résultat, en venant confirmer d'autres études [8, 11], montre que ce germe ne fait pas partie des agents pathogènes habituellement responsables de pyélonéphrite et reste un agent des cystites. Enfin la répartition des bactéries n'était pas modifiée chez les femmes de plus de 65ans ce qui a déjà été souligné dans une autre étude [4]. Cette limite d'âge, longtemps considérée comme un facteur de risque d'infection urinaire compliquée et donc susceptible de modifier le spectre des agents pathogènes, n'est d'ailleurs plus prise en compte dans les recommandations de l'Afssaps [1].


Dans le cas des prostatites, E. coli occupait également la première place (81,9 %) tout en étant moins souvent isolé que chez les femmes et ce au profit des autres entérobactéries. Cette moindre responsabilité de E. coli existait dans les quelques séries d'ECBU communautaires masculins [6, 8]. En revanche, dans notre série, les entérocoques ne représentaient que 1,6 % des bactéries alors que dans une étude très récente strictement microbiologique ce chiffre atteignait 18 % [6]. Dans une série française de 100 prostatites, la proportion d'entérocoque était de seulement 4 % ce qui est plus cohérent avec notre étude [9]. La totalité des entérocoques de notre série de prostatites ont été isolés chez des patients de plus de 65ans. La particularité des infections urinaires à entérocoque est de survenir plus souvent sur sonde ou après manÅ“uvre instrumentale des voies urinaires dont la fréquence augmente logiquement avec l'âge [10]. Cependant la présence ou non de l'un de ces deux facteurs de risque n'était pas systématiquement recherchée ce qui limite la discussion.


Dans un cas de prostatite le germe en cause était une S. Typhi . Les infections urinaires à salmonelle sont exceptionnelles et sont surtout dues aux salmonelles non typhiques [11]. Nous n'avons pas trouvé de cas d'infection urinaire à S. Typhi dans la littérature médicale. À titre de rapprochement le diagnostic d'infection urinaire à salmonelle non typhique doit faire rechercher l'existence de facteurs favorisants tels qu'une pathologie susceptible de déprimer l'immunité cellulaire (diabète, affection maligne, corticothérapie au long cours) ou une uropathie malformative [16]. Chez ce patient, l'échographie montrait des signes de pyélonéphrite inhabituels chez l'homme et pouvant témoigner d'une malformation sous-jacente.


La proportion d'ECBU négatifs était importante (8,6 % chez les femmes et 12,7 % chez les hommes). Il n'est pas exclu que certains patients ne soient pas atteints d'infection urinaire fébrile mais cela ne nous semble pas être la seule explication. Dans la prostatite aiguë l'origine infectieuse n'est pas toujours prouvée [12]. Une série française de 100 prostatites aiguës montrait un taux d'ECBU stérile comparable au notre (14 %) [13]. L'implication de Chlamydiae trachomatis dont l'identification nécessite des techniques de biologie moléculaire non utilisées en routine pourrait être une explication. Néanmoins sa responsabilité, surtout discutée dans la prostatite chronique, n'a toujours pas été formellement démontrée [17]. Par ailleurs, dans la prostatite chronique, qui peut en imposer pour une prostatite aiguë lors d'une exacerbation fébrile, il est beaucoup plus rare d'observer une bactériurie et l'isolement d'un germe nécessite n'est parfois obtenu qu'au bout de cinq jours de mise en culture [17]. Chez les femmes, certains experts affirment qu'il n'est pas rare d'observer une pyélonéphrite typique s'accompagnant d'une leucocyturie aseptique [13]. Nous n'avons pas mis en évidence d'articles traitant spécifiquement de la pyélonéphrite à ECBU négatif. Contrairement à la prostatite, aucune piste n'est en faveur de l'implication de C. trachomatis . L'hypothèse la plus vraisemblable, qui vaut également pour la prostatite, est celle d'une prise d'antibiotique immédiatement antérieure au prélèvement urinaire. Dans notre série elle était d'ailleurs rapportée pour huit des 52 ECBU négatifs. Malheureusement il nous est impossible de savoir si cette information a été systématiquement recherchée. Les conditions de prélèvement de l'ECBU pourraient également expliquer en partie ces résultats. En effet, pour qu'un ECBU soit contributif il est important de respecter un temps de stase vésicale d'au moins quatre heures [1]. Or cela n'a certainement pas toujours été le cas dans notre étude où le patient, après une première miction pour réalisation de la bandelette urinaire, était parfois amené à effectuer l'ECBU peu de temps après. En outre c'est dans ce contexte que le médecin incite son patient à « boire beaucoup » avec un risque de dilution des urines pouvant abaisser le niveau de la bactériurie [14]. La positivité de la BU, contrastant avec la négativité de l'ECBU, est cohérente avec ces hypothèses. D'après l'Afssaps et l'Andem, les seuils de bactériurie de référence ne peuvent être opposés à un tableau clinique évident [1] et un ECBU négatif n'élimine pas formellement une PNA ou une prostatite [15]. Dans notre étude tous les patients, à l'exception d'un homme, présentaient un tableau clinique compatible avec une infection urinaire fébrile.


Sensibilité de Escherichia coli


En ce qui concerne les quinolones la situation est moins préoccupante que dans les études antérieures : la sensibilité globale à l'acide nalidixique et à la ciprofloxacine étaient respectivement de 86,4 % et 95,7 % contre 82,4 % et 88,2 % dans l'étude Aforcopi-bio 2008 [16]. La surestimation des taux de résistance par les études réalisées en laboratoire d'analyses médicales, déjà évoquée dans l'introduction, pourrait expliquer cette différence. Ici, seules les femmes de plus de 65ans voyaient leur taux de résistance à la ciprofloxacine dépasser le seuil des 10 %. Cette augmentation de la résistance à la ciprofloxacine chez la femme âgée était également observée. Elle était probablement liée à la pression de sélection exercée par les quinolones couramment prescrites dans la cystite de la femme. Au-delà de 10 % de résistance, la European Association of Urology (EAU) considère que l'utilisation probabiliste d'un antibiotique dans le traitement des infections urinaires n'est pas acceptable [17]. Les fluoroquinolones sont les seules molécules per os utilisables en première intention dans les IUF et, si cette augmentation de la résistance à la ciprofloxacine se confirme, le traitement probabiliste par voie orale des femmes de plus de 65ans pourrait être compromis. En revanche, dans notre étude, les hommes de plus de 65ans n'étaient pas concernés par ce phénomène contrairement à ce qui a déjà été montré [6,21]. L'étude des souches I+R à l'acide nalidixique a confirmé la résistance croisée au sein des fluoroquinolones avec notamment une sensibilité vis-à-vis de la ciprofloxacine de seulement 65,6 % pour les souches NAL I+R. Des co-résistances ont été également observées mais elles ne compromettaient ni le traitement des cystites simples (sensibilité à la fosfomycine de 95,4 %) ni le traitement des IUF (aucune co-résistance fluoroquinolones-C3G parentérales).


Parmi les autres antibiotiques utilisables en ambulatoire dans les IUF, les C3G parentérales n'ont pas perdu de leur efficacité avec une sensibilité supérieure à 97 % indépendamment de l'âge et du sexe. La sensibilité au cefixime était également très élevée (entre 93,8 et 99 %) alors qu'elle était de seulement 83,6 % dans l'étude de Goldstein et al. publiée en 2000 [7]. Son utilisation est cependant limitée au traitement de relais après obtention de l'apyrexie du fait d'une diffusion parenchymateuse insuffisante [1]. Par ailleurs 2,5 % des souches de E. coli étaient classées I ou R aux C3G mais aucun des laboratoires n'avait effectué le test de synergie. Il nous a donc été impossible de quantifier les souches productrices de BLSE. Dans une étude épidémiologique réalisée par l'ONERBA en 2006 la proportion de E. coli I ou R aux C3G était de 2,1 % et celle des E. coli producteurs de BLSE de 1,3 % (soit 62 % des souches I ou R) [18]. Dans une autre étude menée en 2008 par l'Aforcopi-bio 1,38 % des E. coli étaient I ou R aux C3G et 0,98 % étaient producteurs de BLSE (soit 71 % des souches I ou R). En transposant ces deux ratios à notre étude le taux de E. coli producteurs de BLSE varie de 1,55 à 1,8 % sans grande valeur scientifique néanmoins. Une étude récente rapportait 1,8 % de BLSE dans un service d'urologie [20]. La recherche d'une BLSE en cas de phénotype de résistance suspect est recommandée par le CA-SFM. En pratique elle nécessite de recourir à des techniques d'antibiogramme en milieu solide alors que la majorité des laboratoires de ville utilisent des automates fonctionnant en milieu liquide. Cela oblige donc le biologiste à des manipulations supplémentaires et pourrait expliquer pourquoi cette recherche n'a pas été faite.


Près de 100 % des souches étaient sensibles à la gentamicine sans influence significative de l'âge et du sexe. Son activité reste inchangée si on la compare avec d'anciennes études réalisées il y a dix ans [5, 7]. Ces résultats contrastent avec ceux d'une étude réalisée en 2007-2008 par Fabre et al. [6]. On y observait un taux de sensibilité à la gentamicine d'environ 95 % chez les femmes et les hommes de plus de 65ans et de 92 % chez les hommes âgés de 15 à 65ans [6]. Non recommandée en première intention et rarement employée en ville, la gentamicine reste indiquée en monothérapie dans le traitement de la PNA simple dans des cas particuliers (polyallergie, intolérance médicamenteuse) [1].


En ce qui concerne les antibiotiques réservés aux cystites, la fosfomycine et la nitrofurantoine conservaient une excellente activité indépendamment de l'âge et du sexe. Leur sensibilité respective (>98 % et>96 %) sont superposables à celles observées jusqu'à présent [19]. Compte tenu des modifications récentes des recommandations qui préconisent en première intention dans la cystite simple l'usage de la fosfomycine avant les quinolones, la prescription de cet antibiotique risque d'augmenter et pourrait contribuer à diminuer son efficacité.


Le réseau SPHERES s'inscrit dans une démarche de soins dont l'objectif est de faciliter la prise en charge ambulatoire de pathologies potentiellement graves. Sa vocation initiale n'est pas la réalisation d'études scientifiques et en conséquence certaines données étaient manquantes. Le nombre de dossiers exploitables s'en est trouvé diminué. Au final la petite taille de la population effectivement étudiée a limité la puissance des tests statistiques et de nombreux résultats étaient non significatifs. Par ailleurs les principaux paramètres cliniques et épidémiologiques connus pour être des facteurs de risque de résistance (existence d'une sonde vésicale, hospitalisation récente, antécédents d'antibiothérapie) et classiquement étudiés n'ont pas été recherchés. Ces informations auraient été très utiles compte tenu des objectifs de notre étude.


Sur un plan strictement microbiologique la valeur de nos résultats est certainement inférieure à celle des études réalisées en laboratoire. Dans ces études les souches isolées par les différents laboratoires participants étaient envoyées à un centre coordinateur qui réalisait l'antibiogramme par la méthode de référence (dilution en milieu gélosé) et testait les antibiotiques recommandés par le CA-SFM. Dans notre étude il n'avait pas de laboratoire unique et les méthodes d'ensemencement, d'identification et d'antibiogramme étaient propres à chaque laboratoire sans contrôle de qualité interne. Les antibiotiques testés variaient d'un laboratoire à l'autre et la recherche de BLSE par le test dit de synergie n'a pas été faite.


La plupart des études sur la microbiologie des infections urinaires ont été réalisées à partir de plusieurs laboratoires répartis sur tout le territoire français. Notre étude s'était limitée à une population urbaine vivant à Paris. Elle est donc difficilement comparable aux études qui font actuellement référence et, d'autre part, nos résultats ne peuvent pas être généralisés.


Depuis la fin de notre étude, la base de données du réseau SPHERES s'est enrichie de plusieurs centaines de patients. L'étude de ces nouveaux cas pourrait augmenter la significativité statistique de nos résultats. L'ajout dans la fiche d'inclusion des facteurs de risque de résistances déjà connus permettrait d'affiner la stratification des données. Enfin, la surveillance régulière des taux de résistances fournis par l'analyse des données du réseau SPHERES, sorte de veille microbiologique à l'échelle de Paris, pourrait contribuer localement à mieux guider les stratégies d'utilisation des antibiotiques dans les infections urinaires fébriles.


Conclusions


Nous rapportons l'épidémiologie bactérienne ainsi que les profils de résistance des germes impliqués dans les infections urinaires fébriles prises en charge dans un réseau de soin. Il semble que la résistance du colibacille ait augmenté plus chez la femme âgée de plus de 65ans que chez l'homme.


Déclaration d'intérêts


Les auteurs n'ont pas transmis de déclaration de conflits d'intérêts.



☆  Niveau de preuve : 5.





Tableau 1 - Caractéristiques démographiques de la population étudiée.
  Population globale  Femmes  Hommes 
Nombre de sujets  568  410 (72,2 %)  158 (27,8 %) 
Âge médian  52  45  61,5 
Âges extrêmes  13-97  13-97  15-85 
Âge>65ans (%)  168 (29,6 %)  106 (25,8 %)  62 (39,2 %) 





Tableau 2 - Distribution des bactéries dans la population en fonction du sexe.
Nombre (%) de bactéries 
Bactérie  Total  Femmes n =314  Hommes n =127  Valeur de p  
Escherichia coli   386 (87,5)  282 (89,8)  104 (81,9)  0,03 
Proteus mirabilis   13 (2,9)  5 (1,6)  8 (6,3)  0,01 
Klebsiella spp  13 (2,9)  8 (2,5)  5 (3,9)  NS 
Citrobacter spp  6 (1,4)  1 (0,3)  5 (3,9)  0,008 
Enterobacter aerogenes   6 (1,4)  2 (0,6)  NS 
Morganella morganii   5 (1,1)  1 (0,8)  NS 
Salmonella Typhi  3 (0,7)  1 (0,8)  NS 
Staphylococcus aureus   3 (0,7)  3 (1)  NS 
Staphylococcus saprophyticus   2 (0,5)  3 (1)  NS 
Staphylococcus epidermidis   2 (0,5)  2 (0,6)  NS 
Streptococcus spp  1 (0,2)  5 (1,6)  1 (0,8)  NS 
Enterococcus spp  1 (0,2)  3 (1)  2 (1,6)  NS 
 
Total BG−  422 (95,7)  298 (94,9)  124 (97,6)  NS 
Total CG+  19 (4,3)  16 (5,1)  3 (2,4)  NS 
Total BG− non E. coli   36 (8,2)  16 (5,1)  20 (15,7)  0,0004 



Légende :
NS : non significatif ; BG− : bacilles à Gram négatif ; CG+ : Cocci Gram positif.



Tableau 3 - Sensibilité de Escherichia coli aux différents antibiotiques dans la population globale (ordre décroissant).
Antibiotique  Nombre de souches testées  Sensibilité (%) 
Gentamicine  353  99,4 
Fosfomycine  298  99 
Cefotaxime  358  98 
Ceftazidime  358  98 
Cefixime  353  97,5 
Furanes  356  97,5 
Ciprofloxacine  363  95,8 
Ofloxacine  358  95,5 
Norfloxacine  360  94,7 
Acide nalidixique  355  87,9 
Cotrimoxazole  353  79,9 
Cefalotine  356  72,8 
Amoxicilline+acide clavulanique  358  69 
Amoxicilline  355  52,7 





Tableau 4 - Comparaison des souches de Escherichia coli selon leur sensibilité à l'acide nalidixique.
  Sensibilité (%) 
   
Antibiotique  NAL S  NAL I+ Δ  Valeur de p  
Gentamicine  100  95,5  4,5  0,0151 
Ciprofloxacine  100  65,9  34,1  <0,00001 
Ofloxacine  100  60  40  <0,00001 
Norfloxacine  100  56,8  43,2  <0,00001 
Fosfomycine  99,6  94,6  0,0421 
Cefotaxime  99,4  90,9  8,5  0,0026 
Ceftazidime  99,4  90,9  8,5  0,0026 
Furanes  99  88,6  10,4  0,001 
Cefixime  98,7  88,6  10,1  0,0021 
Cotrimoxazole  83,8  54,5  29,3  <0,00001 
Cefalotine  78,5  36,4  42,1  <0,00001 
Amoxicilline+acide clavulanique  73,3  43,2  30,1  0,0002 
Amoxicilline  57,8  20,5  37,3  <0,00001 



Légende :
NAL S : souches sensibles à l'acide nalidixique ; NAL I+R : souches sensibles ou intermédiaires à l'acide nalidixique. Δ : valeur absolue de la différence de sensibilité.


Références



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